[发明专利]确定个体基因突变的方法和系统

说明书

技术领域

本发明涉及生物医学领域。具体而言，涉及确定个体基因突变的方法和系统。

背景技术

随着现代工业的发展，环境污染及不良生活习惯导致的肿瘤发生率逐步上升，已成为影响人类健康寿命的第一大因素。据国际癌症研究机构公布的数据显示，每年全球约800万人死于癌症。据推断，目前我国的癌症治疗市场规模大约每年新增1800-3600亿元。由于肿瘤的异质性及人群间的个体差异，不同种群、不同性别，甚至不同生活环境下不同个体间同一组织的肿瘤样本都会呈现不同遗传背景，如果简单对所有个体都采用同一个用药及治疗方案，就很容易产生治疗不当或治疗过度的问题，因此获得个体遗传信息就显得尤为必要。伴随着测序技术的发展，遗传分子水平的检测技术已可以区分不同个体间基因差别，越来越多的肿瘤相关的基因突变标记被发现，通过寻找到个体肿瘤特异性突变标记，可以进而有针对性的指导靶向用药及治疗。

然而，目前普遍的检测方法是，对病人数个热点基因，如EGFR，KRAS等进行sanger测序，得到其突变信息。对大多数癌种，这样的检测能在一定程度上获得个体遗传信息帮助治疗，但同时存在三个问题：1)少数基因检测的指导意义有限，不能综合反映病人实际的病理特征；2)样本多次消耗，需求量大；3)很多癌种仅通过数个基因的测序，不可能确定其癌症的分子突变分型种类，因此无法给出可靠信息辅助后续治疗。

而在国外，目前最先进的手段是通过综合性Panel进行关键位点的捕获测序，这也是这类技术在实践范围内的发展趋势，但是存在价格过高以及参考数据库多为白人，与黄种人突变频谱存在差异的问题。因此，这类产品在中国今后的发展趋势势必是：1)丰富的检测位点(综合Panel及基因组测序)；2)合理的价格；3)基于黄种人特有的基因频谱。其市场容量按上述估计，约10亿。

然而，目前肿瘤基因检测技术仍有待改进。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个方面提出了一种能够有效确定个体基因突变的方法。另一个方面提供了一种能够有效实施该方法的有效确定个体基因突变的系统。

根据本发明的实施例，提出了一种确定个体基因突变的方法，所述基因突变与预定的疾病相关，该方法包括：

(1)从所述个体的患病组织获取患病组织核酸样本，以及任选地从个体的正常组织获得正常组织核酸样本；

(2)利用探针对所述患病组织核酸样本以及任选的正常组织核酸样本进行筛选并构建测序文库，其中，所述探针特异性识别所述疾病相关的靶基因；

(3)对步骤(2)中所构建的测序文库进行测序，以便获得患病组织核酸测序结果以及任选的正常组织核酸测序结果；以及

(4)基于所述患病组织核酸测序结果，确定与所述疾病相关的基因突变。

根据本发明的实施例，通过采用特异性识别靶基因的探针，能够从完整基因组中提取自定义的基因组区域，富集目的基因组区域进行测序，捕获区域可以是连续或非连续的基因组长片段、全外显组或其他任何区域，所以可以一次性富集所有感兴趣基因组区域，从而大幅度降低测序所需样品量及测序费用。进而，根据本发明的实施例，为可以疾病的基因检测，尤其是癌症基因检测提供更精确、有效、快捷并价格合理的方案，并且根据本发明的实施例，可以用少量的样本得到更多的肿瘤相关的基因信息，能够准确快捷的对疾病相关基因突变尤其是癌症分子突变进行分型，从而给出可靠的个体疾病尤其是肿瘤遗传信息。

根据本发明的实施例上述确定个体基因突变的方法还可以具有下列附加技术特征：

根据本发明的一个实施例，所述个体为哺乳动物。

根据本发明的一个实施例，所述个体为人。

根据本发明的一个实施例，所述疾病为癌症。

根据本发明的一个实施例，所述疾病为肝中分化胆管细胞癌，并且所述靶基因为选自下表的至少之一。

表1靶基因列表

根据本发明的一个实施例，所述患病组织是以石蜡切片形式提供的。

根据本发明的一个实施例，所述正常组织为血液。

根据本发明的一个实施例，所述探针是以固相芯片的形式提供的。

根据本发明的一个实施例，所述核酸样本包括DNA样本和RNA样本。