[发明专利]一种染色体拷贝数变异的检测方法

权利要求书

1.一种染色体拷贝数变异的检测方法，其特征在于，其包括以下步骤：

1)从带有附属物的母体的体液中制备游离DNA，即得待测样本；

2)从不带附属物的正常母体的体液中制备游离DNA，即得对照样本；

3)分别将步骤1)所述的待测样本和步骤2)所述的对照样本进行DNA测序，得到DNA序列；

4)将步骤3)所得的DNA序列同参考基因组序列进行比对；

5)将参考基因组序列分割成为首尾相连、互不重叠的若干的区域片段，每一区域片段即为一个窗口，分别统计待测样本全部的DNA序列比对到窗口的序列条数，待测样本长度小于Nbp的DNA序列比对到窗口的序列条数，对照样本全部的DNA序列比对到相应口内的序列条数，所述N为取自130～200中的任意一个或者多个；

6)相对于对照样本，计算待测样本全部的DNA序列在窗口内的z值和待测样本长度小于Nbp的DNA序列在窗口内的z值，所述z值的计算公式为：

z＝(test-mean(controls))/sd(controls)，

其中，test表示待计算z值的窗口内待测样本的序列条数，controls表示相应窗口内对照样本的序列条数，mean(controls)表示求controls的平均值，sd(controls)表示求controls的标准差；

7)在同一窗口中，若待测样本长度小于Nbp的DNA序列的z值绝对值大于待测样本全部的DNA序列的z值绝对值，则步骤1)所述附属物存在染色体拷贝数变异，否则，则步骤1)所述母体存在染色体拷贝数变异。

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，步骤1)所述附属物为胎儿，步骤1)所述母体为孕妇除胎儿外的自身组织，步骤2)所述不带附属物的正常母体为未怀孕的女性；或步骤1)所述附属物为肿瘤组织，步骤1)所述母体为肿瘤患者除肿瘤组织外的自身组织，步骤2)所述不带附属物的正常母体为正常人。

3.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述体液为血浆或血清，较佳地为血浆。

4.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，步骤3)所述DNA测序为高通量测序。

5.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述窗口为将参考基因组序列分割成为的等长度的区域片段；或者，所述参考基因组为人类参考基因组。

6.如权利要求5所述的检测方法，其特征在于，所述等长度的区域片段长度为10Mbp。

7.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述N为取自150～170中的任意一个或多个。

8.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述N为150，166或170。

9.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述N的数目为1-50个。

10.如权利要求9所述的检测方法，其特征在于，所述N的数目为2-30个，较佳地为1个或2个。