[发明专利]一种染色体拷贝数变异的检测方法

说明书

技术领域

本发明属于生物检测领域，具体涉及一种染色体拷贝数变异的检测方法。

背景技术

染色体拷贝数变异(下文简写为cnv)能引起疾病发生，常见的由cnv引起的疾病有很多，例如：21三体综合征，患者的21号染色体存在3条，而正常人只有2条；天使综合症，15号染色体q11-q13缺失所致；Turner综合征，染色体为XO型(即染色体为45，X)。这些疾病的发生给患者本身和其家庭带来极大的痛苦。所以，目前国内致力于开发染色体拷贝数变异的检测方法，尤其是，检测胎儿的cnv情况，以从根本预防疾病的发生。

因胎儿患cnv引发疾病的风险随着母体生育年龄的增长而升高，所以，对高龄孕妇进行cnv检测是十分必要的。当前，随着技术的进步，传统活体穿刺检测对母体和胎儿的负面影响已经被清楚认识，并催生出了无创DNA检测cnv，该技术通过检测孕妇血浆中游离的来自胎儿的DNA来检测胎儿的cnv。而所收取的孕妇血浆中游离的DNA由母体来源和胎儿来源的两部分DNA组成，现有的无创DNA检测技术均假定母体本身没有cnv，检测出的cnv均来自胎儿，因为并非所有的cnv都会以疾病状态表现出来，正常的母亲也可能存在cnv，所以如此假定得到的结果会有很高的假阳性出现，从而造成严重的后果。故此，我们急需一种可以区分所取混合来源DNA样品中cnv来源的染色体拷贝数变异检测方法，以准确无误地判断cnv的发生位置，避免因假阳性造成不可逆的损害。

对于肿瘤患者来说，其体液内也存在肿瘤组织来源的游离DNA。目前，也可通过患者血浆中游离的DNA来检测cnv，同样由于游离的DNA由母体(患者自身正常组织)来源和肿瘤组织来源的两部分DNA组成，而存在假阳性结果，造成严重后果，所以，我们亦需一种上述的可以区分混合来源DNA样品中cnv来源的染色体拷贝数变异检测方法来避免假阳性结果造成的损害。

目前发现，血浆中来源于胎儿的游离DNA比来源于母体的游离DNA短，同样发现，来源于肿瘤组织的游离DNA比来源于患者正常组织的游离DNA短。

发明内容

本发明要解决的技术问题是针对目前对取自母体的混合样品进行cnv检测时，无法排除母体cnv干扰而造成较高假阳性结果的缺陷，提供了一种能区分出混合DNA样品中染色体拷贝数变异究竟来源于母体(所述母体为孕妇自身或者肿瘤患者自身正常组织)还是来源于附属物(所述附属物为胎儿或者肿瘤组织)的染色体拷贝数变异的检测方法。

为解决上述技术问题，本发明提供的技术方案是，一种染色体拷贝数变异的检测方法，其包括以下步骤：

1)从带有附属物的母体的体液中制备游离DNA，即得待测样本；

2)从不带附属物的正常母体的体液中制备游离DNA，即得对照样本；

3)分别将步骤1)所述的待测样本和步骤2)所述的对照样本进行DNA测序，得到DNA序列；

4)将步骤3)所得的DNA序列同参考基因组序列进行比对；

5)将参考基因组序列分割成为首尾相连、互不重叠的若干的区域片段，每一区域片段即为一个窗口，分别统计待测样本全部的DNA序列比对到窗口的序列条数，待测样本长度小于Nbp的DNA序列比对到窗口的序列条数，对照样本全部的DNA序列比对到相应口内的序列条数，所述N为130≤N≤200中的一个或者多个；

6)相对于对照样本，计算待测样本全部的DNA序列在窗口内的z值和待测样本长度小于Nbp的DNA序列在窗口内的z值，所述z值的计算公式为：

z＝(test-mean(controls))/sd(controls)，

其中，test表示待计算z值的窗口内待测样本的序列条数，controls表示相应窗口内对照样本的序列条数，mean(controls)表示求controls的平均值，sd(controls)表示求controls的标准差；

7)在同一窗口中，若待测样本长度小于Nbp的DNA序列的z值绝对值大于待测样本全部的DNA序列的z值绝对值，则步骤1)所述附属物存在染色体拷贝数变异(cnv)，否则，则步骤1)所述母体存在染色体拷贝数变异(cnv)。

本发明中，步骤1)所述附属物为常规的寄生于母体的活体组织，较佳的为胎儿，步骤1)所述母体为常规的可以独立生存的个体，较佳的为孕妇除胎儿外的自身组织，步骤2)所述不带附属物的正常母体为常规的不带有寄生组织的可以独立生存的个体，较佳的为未怀孕的女性。