[发明专利]甘蓝型油菜sBnFCA-ε基因序列及制备方法和应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域的基因序列，具体涉及一种甘蓝型油菜控制开花相关的sBnFCA的可变剪接体sBnFCA-ε基因序列及制备方法和应用。

背景技术

外界环境因素（光周期和温度）对植物开花的诱导可以使植物在适宜的环境下开花，但如果缺少这种诱导，有些植物在其营养生长达到一定阶段后也会自然开花，说明植物能够感知自身的发育状态，说明自主途径独立于光周期和春化途径之外。由于自主途径突变体数量和类型有限，自主途径基因的研究相对滞后。

FCA是拟南芥晚花突变体中首先分离出的自主开花途径重要基因，该基因具有四个可变剪接体（α、β、γ和δ），其中只有γ剪接体能编码具有正常功能的蛋白。国内外研究者采用同源克隆的方法已在小麦、玉米、大豆、水稻、冬性甘蓝型油菜等众多植物中克隆到了与拟南芥FCA同源的四个剪接体。

甘蓝型油菜(BrassicanapusL.)是十分重要的油料作物，是国产食用植物油的第一大来源，在我国食用油市场中具有举足轻重的地位。有关甘蓝型油菜开花相关基因的研究主要集中于FLC、FRI、CO、FT等少数几个基因上，但春性甘蓝型油菜FCA基因可变剪接体序列及克隆方法未见报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种甘蓝型油菜控制开花相关的sBnFCA-ε基因序列。该基因全长2001bp，编码区全长为1992bp，编码664个氨基酸。本发明以源自甘白种间杂交后代的新型特早熟春性甘蓝型油菜86为材料，根据GenBank中已报道的拟南芥FCA的序列保守区，采用同源克隆的方法分离甘蓝型油菜sBnFCA基因，用cDNA-AFLP技术分离花芽分化不同阶段表达的差异片段，寻找控制开花时间的新基因；用RT-qPCR技术检测已克隆基因在花芽分化过程中在不同组织（叶和茎尖）的表达水平。为新型特早熟春性甘蓝型油菜的早熟机理研究奠定基础，为筛选、培育早熟优质油菜新品种提供理论依据和技术支撑。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

一种甘蓝型油菜控制开花相关的可变剪接体sBnFCA-ε序列，所述基因序列如SEQIDNO.1第1～2001位所示，该基因编码的氨基酸序列如SEQIDNO.2所示。

优选的该基因序列如SEQIDNO.1第1～1948位所示。

优选的该基因序列如SEQIDNO.1第1807～1980位所示。

优选的该基因序列如SEQIDNO.1第1928～2001位所示。

可变剪接体sBnFCA-ε序列的克隆方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

1.甘蓝型油菜组织总RNA的提取。

2.以拟南芥FCA的序列保守区作为种子序列，采用同源克隆的方法分离sBnFCA基因，用cDNA-AFLP技术分离花芽分化不同阶段表达的差异片段，将检索到的目标EST拼接组装成甘蓝型油菜的可变剪接体sBnFCA-ε序列；根据该序列，设计能够扩增出全长的基因特异引物；

如SEQIDNO.3所示的sBncFCA-5；

如SEQIDNO.4所示的sBncFCA-13；

如SEQIDNO.5所示的sBncFCA-14F。

3.以甘蓝型油菜组织RNA反转录得到的甘蓝型油菜cDNA为模板，利用所述基因特异引物sBnFCA-5，sBnFCA-13和sBnFCA-14F克隆出sBnFCA基因的全长cDNA序列：

如SEQIDNO.6所示的sBncFCA-5cDNA；

如SEQIDNO.7所示的sBncFCA-13cDNA；

如SEQIDNO.8所示的sBncFCA-14FcDNA。

甘蓝型油菜控制开花相关的sBnFCA基因序列在制备甘蓝型油菜品种中的用途为：采用基因工程手段或者基因干扰方法，调控所述基因序列的表达水平，进而引起甘蓝型油菜开花调控机制的变化，获得开花时间不同的甘蓝型油菜品种。

本发明运用生物信息学手段，通过同源序列比对设计出基因特异引物，用分子克隆的方法，克隆出甘蓝型油菜控制开花相关的sBnFCA基因；经过序列分析，确定是甘蓝型油菜sBnFCA基因；组织表达分析表明，sBnFCA在不同组织中均有表达，但表达量具有组织差异性。