[发明专利]一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法在审

专利信息
申请号: 201510948472.4 申请日: 2015-12-17
公开(公告)号: CN105441545A 公开(公告)日: 2016-03-30
发明(设计)人: 谢小冬;车团结;尤崇革;沈颂东;李琳;李亚鹏 申请(专利权)人: 苏州百源基因技术有限公司
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68
代理公司: 北京中恒高博知识产权代理有限公司 11249 代理人: 吕玉博
地址: 215011 江苏省苏州市*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 一种 检测 foxh1 基因 snp rs750472 基因型 方法
【权利要求书】:

1.一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法,其特征在于:步骤如下:

(1)构建重组阴性质粒和重组阳性质粒;所述重组阴性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.1,所述重组阳性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.2;

(2)提取待测样本的外周血基因组DNA,对重组阴性质粒、重组阳性质粒和待测样本的外周血基因组DNA均进行PCR扩增和HRM分析,收集数据;

作为优选,所述HRM分析的条件为:94℃90s;60℃30s;83-94℃收集数据,温度上升速率为0.06℃/s;

(3)根据收集数据绘制高分辨率溶解曲线,根据重组阴性质粒、重组阳性质粒的溶解曲线判断待测样本FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型:

与重组阴性质粒的溶解曲线重合则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为TT;

与重组阳性质粒的溶解曲线重合则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为GG;

在重组阴性质粒和重组阳性质粒的溶解曲线之间的则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为TG。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时所用引物为(1)或(2)中的一种:

(1)上游引物:FOXH1-F5'-ACCAGGGAAGACGGGATAAAGT-3';

下游引物:FOXH1-R5'-TCTAGTGGGGGCTTCTCCTGA-3';

(2)与(1)中的互补序列。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时的反应体系为:

Green-2-GoqPCRMastermix(含EvaGreen)5μl

引物F(10μM)0.1μl

引物R(10μM)0.1μl

模板(50ng/μl)0.5μl

ddH2O4.3μl

总体积10μl。

4.根据权利要求1-3任一所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时的反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性10s,60℃退火/延伸20s;40个循环。

5.一种用于检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括重组阴性质粒、重组阳性质粒和用于扩增质粒的引物;所述重组阴性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.1,所述重组阳性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.2。

6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述引物的序列为(1)或(2)中的一种:

(1)上游引物:FOXH1-F5'-ACCAGGGAAGACGGGATAAAGT-3';

下游引物:FOXH1-R5'-TCTAGTGGGGGCTTCTCCTGA-3';

(2)与(1)中的互补序列。

7.根据权利要求5或6所述的试剂盒,其特征在于:所述PCR扩增时的反应体系为:

Green-2-GoqPCRMastermix(含EvaGreen)5μl

引物F(10μM)0.1μl

引物R(10μM)0.1μl

模板(50ng/μl)0.5μl

ddH2O4.3μl

总体积10μl;

作为优选,所述扩增质粒时的PCR反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性10s,60℃退火/延伸20s;40个循环。

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