[发明专利]一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法在审
申请号: | 201510948472.4 | 申请日: | 2015-12-17 |
公开(公告)号: | CN105441545A | 公开(公告)日: | 2016-03-30 |
发明(设计)人: | 谢小冬;车团结;尤崇革;沈颂东;李琳;李亚鹏 | 申请(专利权)人: | 苏州百源基因技术有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 北京中恒高博知识产权代理有限公司 11249 | 代理人: | 吕玉博 |
地址: | 215011 江苏省苏州市*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 foxh1 基因 snp rs750472 基因型 方法 | ||
1.一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法,其特征在于:步骤如下:
(1)构建重组阴性质粒和重组阳性质粒;所述重组阴性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.1,所述重组阳性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.2;
(2)提取待测样本的外周血基因组DNA,对重组阴性质粒、重组阳性质粒和待测样本的外周血基因组DNA均进行PCR扩增和HRM分析,收集数据;
作为优选,所述HRM分析的条件为:94℃90s;60℃30s;83-94℃收集数据,温度上升速率为0.06℃/s;
(3)根据收集数据绘制高分辨率溶解曲线,根据重组阴性质粒、重组阳性质粒的溶解曲线判断待测样本FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型:
与重组阴性质粒的溶解曲线重合则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为TT;
与重组阳性质粒的溶解曲线重合则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为GG;
在重组阴性质粒和重组阳性质粒的溶解曲线之间的则FOXH1基因SNP位点rs750472的基因型为TG。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时所用引物为(1)或(2)中的一种:
(1)上游引物:FOXH1-F5'-ACCAGGGAAGACGGGATAAAGT-3';
下游引物:FOXH1-R5'-TCTAGTGGGGGCTTCTCCTGA-3';
(2)与(1)中的互补序列。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时的反应体系为:
Green-2-GoqPCRMastermix(含EvaGreen)5μl
引物F(10μM)0.1μl
引物R(10μM)0.1μl
模板(50ng/μl)0.5μl
ddH2O4.3μl
总体积10μl。
4.根据权利要求1-3任一所述的方法,其特征在于:所述PCR扩增时的反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性10s,60℃退火/延伸20s;40个循环。
5.一种用于检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括重组阴性质粒、重组阳性质粒和用于扩增质粒的引物;所述重组阴性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.1,所述重组阳性质粒的核苷酸序列参见序列表中SEQIDNo.2。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述引物的序列为(1)或(2)中的一种:
(1)上游引物:FOXH1-F5'-ACCAGGGAAGACGGGATAAAGT-3';
下游引物:FOXH1-R5'-TCTAGTGGGGGCTTCTCCTGA-3';
(2)与(1)中的互补序列。
7.根据权利要求5或6所述的试剂盒,其特征在于:所述PCR扩增时的反应体系为:
Green-2-GoqPCRMastermix(含EvaGreen)5μl
引物F(10μM)0.1μl
引物R(10μM)0.1μl
模板(50ng/μl)0.5μl
ddH2O4.3μl
总体积10μl;
作为优选,所述扩增质粒时的PCR反应条件为:94℃预变性3min;94℃变性10s,60℃退火/延伸20s;40个循环。
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