[发明专利]一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测FOXH1基因SNP位点rs750472基因型的方法。

背景技术

叉头框（FOX）基因家族作为一种转录因子，广泛存在于生物体中。该基因家族成员功能各异，但它们都具有一个高度保守的叉头DNA结构域，该结构域包括由100多个氨基酸组成的螺旋-转角-螺旋基序，3个α螺旋组成的核心区域和2个可与靶DNA分子相互作用的环组成的翼状结构。该家族基因通过激活或抑制靶基因的转录和表达，对机体的发育、分化、代谢等起关键的调节作用。所有的FOX基因的家族成员都可以通过DNA结构域结合DNA，其功能涉及细胞分化状态的维持、组织特异性基因的表达、胚胎发育、细胞周期调控、糖类及脂类代谢、细胞凋亡等多个生物学过程，并且其基因突变与发育畸形、肿瘤发生发展密切相关。

先天性心脏病(congenitalheartdiseases,CHDs)有很多种类型，通常将其分为简单和复杂的先天性心脏病。简单的先天性心脏病有以下三种：室间隔缺损(ventricularseptaldefect,VSD）、房间隔缺损(atrialseptaldefect,ASD）、动脉导管未闭(patentductusarteriosus,PDA）。复杂的先天性心脏病主要包括以下几种：法洛四联症(tetralogyofFallot,TOF)、肺动脉瓣狭窄(pulmonarystenosis,PS）、大动脉异位（transpositionofthegreatarteries,TGA）、主动脉缩窄（aorticstenosis,AS)、右室双出口（double-outletrightventricle,DORV），房室传导阻滞（atrioventricularblock,AVB）等。其中室间隔缺损（以下简称为VSD）在新生儿CHDs患者中的发病率约为20%，在儿童中约为30%，是所有CHDs患者中发病率最高的一种。VSD是指胚胎发育时期室间隔发育不全，左右心室之间存在一直接开口，产生左向右分流。VSD可单独发生，形成单纯性室间隔缺损，也可能是某种复杂心脏畸形的组成部分之一，形成非单纯性室间隔缺损。这种心脏缺损会导致左心室的富氧血液流入右心室而非正常流入主动脉。甘肃省六地市2-19岁人群调查结果表明CHDs总患病率为0.571％，其中VSD占52.72％。尽管大多数VSD可通过手术方式来纠正，但手术治疗会给患儿家庭和社会带来沉重的经济负担，而且VSD患者术后发生心脏功能异常的机率较正常人大大增加。因此，寻找和检测VSD相关基因，用于产前诊断和基因治疗，以最大可能地避免VSD患儿出生及纠正遗传缺陷，是当前心血管领域研究重点内容。

高分辨率溶解曲线（highresolutionmelting,HRM)分析技术是于2003年由美国Utah大学Wittwer实验室提出的基于新型饱和突光染料LCGreen发明而进行基因突变检测的一项新技术。HRM分析原理是在常规聚合酶链式反应(PCR)后饱和荧光染枓与双链DNA结合，当通过加热升温使DNA双链解离时，荧光染料从局部解链的DNA分子上释放，由于突变、SNP位点双链碱基间不匹配会使双链DNA在此位点首先解开，通过实时监测升温过程中的荧光强度，从荧光强度与时间轴曲线上就可以判断是否存在突变或SNP，而且不同位点、杂合子与否、GC含量、扩增子长度等都会影响熔解曲线的峰形。因此，HRM分析能够有效区分不同突变位点、SNP位点和拥有不同GC含量的扩增片段。

发明内容

本申请人经研究发现：核转录因子FOXH1基因是DNA结合蛋白wingedhelix转录因子家族的新成员，在VSD信号通路中起到重要的转录调节的作用。在不区分性别的情况下，当FoxH1基因SNP位点rs750472的基因型为GG或TG时，先天性心脏病易感性（VSD）增加。具体实验如下：

选取573名来医院就诊的患者，其中对照组276人，VSD患者组为297人。对照组rs750472位点的TT,GT,GG基因型频率分别为57.6%，35.9%及6.5%；VSD患者中相应基因型频率分别为39.4%，45.5%及15.2%。T，G等位基因频率在VSD病患组中分别为61.6%和38.4%；对照组相对应的等位基因频率分为75.5%和24.5%，详见表1。

表1对照组与VSD患者组的基因型频率及等位基因频率

由表1可知：

以野生等位基因T做为参照，则G等位基因频率在病患组和对照组之间的差异性具有显著的统计学意义，P=0.005,OR=1.883(1.210-2.931)。