[发明专利]一种检测ITPA基因多态性的引物及其方法

说明书

技术领域

本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种检测ITPA基因多态性的引物及其方 法。

背景技术

丙型病毒性肝炎，简称为丙型肝炎，是一种由丙型肝炎病毒（HepatitisCvirus, HCV）感染引起的病毒性肝炎，主要通过血液传播。由于大部分感染丙肝病毒的患者在感染 的急性期无明显症状，因此常常被人们忽视，一般待丙型肝炎转化为慢性丙型肝炎或肝硬 化等顽固疾病时才有所察觉，这样往往会错过丙型肝炎的最佳治疗期。据世界卫生组织统 计，全球约有1.4-1.7亿HCV感染者，我国HCV感染率约为3.2%，约有3800万HCV感染者，而且 每年呈上升的趋势，严重危害人类的健康。

2009年，杜克大学的Ge等在《自然》上发表了一篇与HCV感染相关的全基因组相关 性（genomewideassociationstudy,GWAS）研究论著，报道了IL28B基因位于第19号染色体 短臂（19q13），其编码干扰素λ3（IL28B）上游约3kb附近的单核苷酸多态性rs12979860与聚 已二醇干扰素、利巴韦林联合治疗的效果显著相关。杜克大学的同一研究组在发现IL28B基 因型具有预测抗病毒治疗应答的基础上，通过GWAS研究发现，肌苷腺苷三磷酸酶 （in0sineadenosinetriphatase,ITPA）基因变异可缓解RBV引起的溶血性贫血，如 rs1127354AA和rs7270101CC基因型均为贫血的保护性因子。因此，通过检测ITPA基因多态 性有利于预测HCV患者的疗效。

中国专利申请201210353290.9公开了检测IL28B(rs8099917)和ITPA (rs1127354)的突变的方法，其多态性检测用探针包含P1或P1’的寡核苷酸、P2或P2’的寡核 苷酸以及P3或P3’的寡核苷酸，其是通过将探针进行PCR扩增后进行Tm分析，对IL28B基因 多态性的rs8099917和ITPA基因多态性的rs1127354进行分型。

虽然目前的检测方法可以对ITPA进行分型，但是上述方法存在检测结果误差较 大，重复性较低，而且结果判断较复杂的缺陷。因此，研究和开发出一种操作简单，检测结果 误差小，结果重复性高的ITPA基因的检测方法仍是目前研究的热点。

发明内容

为了解决现有技术中存在的缺陷，本发明提供一种检测ITPA基因多态性的引物及 其方法，该引物主要用于检测ITPA_rs7270101和ITPA_rs1127354两个位点，具有特异性好、 灵敏度高、准确性好等优点，为ITPA基因多态性提供了一种简单有效的检测方法。

本发明提供了一种检测ITPA基因多态性的引物，包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物；所述PCR扩增引物为：针对ITPA的上游引物5’-GGAGATGGGCAGCAGAGTTA-3’（SEQ IDNO.1）和下游引物5’-CAGGTCACAGGAAGACAGAGA-3’（SEQIDNO.2）；所述SNaPshotPCR 引物包括：针对ITPA0101的SNaPshotPCR引物5’- AAAAAAAAAAAAGATCGATCGAGAAATCCAACCATCTTTTAAAAA-3’（SEQIDNO.3），针对ITPA7354的 SNaPshotPCR引物5’-AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTTTCTGTGCCACCAAAGTGCAT G-3’（SEQIDNO.4）。

进一步地，所述SNaPshotPCR引物中ITPA0101和ITPA7354的引物浓度比为1:1。

另外，本发明提供了一种检测ITPA基因多态性的方法，包括如下步骤：

S1提取DNA样品；

S2以步骤S1提取的DNA样本为模板，采用权利要求1中所述的PCR扩增引物进行多重PCR 扩增，并对扩增产物进行纯化；

S3以步骤S2纯化后的PCR扩增产物为模板，采用权利要求1中所述的SNaPshotPCR引物 进行SNaPshotPCR扩增，并对SNaPshotPCR扩增产物进行纯化；

S4采用毛细管电泳技术进行检测，对检测结果进行分析，确定SNP位点及其基因型。

进一步地，所述步骤S1中的DNA样品为EDTA抗凝外周血的DNA样品。