[发明专利]用于检测结构变异体的系统和方法

权利要求书

1.一种用于检测基因融合体的非诊断性方法，其包含：

在引物池存在下扩增核酸样品以产生多个扩增子，所述引物池包括对应于第一多个外显子的3’端的第一组引物以及对应于第二多个外显子的5’端的第二组引物，其中所述第一组引物和所述第二组引物中的一者根据基因融合体的已知断裂点而设计，并且所述第一组引物和所述第二组引物中的另一者包含通用类引物集；

通过检测指示核苷酸并入事件的多个信号对所述扩增子进行测序以产生多个读段；

根据所述读段与参考基因组之间的比对，将所述读段映射到所述参考基因组上；

鉴别部分映射到所述参考基因组的读段的子集；

通过将子集中所述部分映射读段分成第一读段片段的映射区域和第二读段片段的未映射区域而产生第一读段片段和第二读段片段，其中第一读段片段具有针对所述参考基因组的映射的碱基长度，第二读段片段具有针对未映射到参考基因组的未映射碱基长度；

将子集中部分读段的第一读段片段和第二读段片段比对到参考基因组，以将部分映射读段的第一读段片段映射到参考基因组内的第一基因位点，部分映射读段的第二读段片段映射到参考基因组内的第二基因位点；

针对子集内每个部分映射读段的第一和第二读段片段的所述映射区域和所述未映射区域，根据所述参考基因组上的第一和第二基因位点，鉴别候选融合体；

筛选所述鉴别的候选融合体，以获得对应于每个特定基因位点组合的具有第一读段片段和第二读段片段的所述映射部分的计数子集；

用包含基因名称和外显子标识中的一或多者的已知信息标注所述候选融合体形成标注数据；和

根据对应于每个特定基因组合的具有第一读段片段和第二读段片段的所述部分映射部分的所述计数以及所述标注数据，形成筛选的和标注的候选融合物列表。

2.根据权利要求1所述的方法，其中部分映射到所述参考基因组的所述鉴别的读段包含映射部分，所述映射部分不大于所述鉴别的读段的50％读段长度或不大于40％所述读段长度。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所产生的第一片段和第二片段中的每一者包含与产生所述片段的所述读段相关的键标。

4.根据权利要求3所述的方法，其进一步包含选择所产生的读段片段和具有相同键标的相应读段片段的子集，所述所产生的读段片段包含针对所述参考基因组的映射，所述相应读段片段同样包含针对所述参考基因组的映射，其中所述读段片段子集被鉴别为候选融合体。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述鉴别的候选融合体根据以下至少一者进行筛选：所述读段片段中的至少一种的基因名称的可用性、所述读段片段两者的基因名称的可用性、所述读段片段中的至少一种的外显子标识的可用性以及所述读段片段两者的外显子标识的可用性。

6.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含用基于所述筛选的和标注的候选融合体的信息更新融合体基因数据库。