[发明专利]用于检测结构变异体的系统和方法

说明书

用于鉴别基因融合体的系统和方法可以从核酸样品获得多个扩增子的测序信息。所述测序信息可以包括首先部分映射到参考序列的多个读段。片段可以通过将部分映射的读段分成映射片段和未映射片段而产生，并且所述片段可以再映射到所述参考序列。基因融合体可以根据其中第一片段映射到第一基因且第二片段映射到第二基因的读段而鉴别。

本申请案主张2014年7月18日申请的美国临时申请案第62/026,300号的优先权，该案以全文引用的方式并入本文中。

技术领域

本发明大体上涉及包括用于检测基因融合体的系统和方法的核酸测序领域。

背景技术

在完成人类基因组项目(Human Genome Project)后，测序行业的一个焦点已转移到发现较高通量和/或较低成本核酸测序技术，有时称为“下一代”测序(NGS)技术。在使测序通量更高和/或更便宜中，一个目标为使技术更可获得。这一目标可以通过使用向具有显著复杂度的样品提供样品制备、并行地对较大数目的样品进行测序(例如通过使用条码和多重分析)和/或有效处理大量信息且以及时方式完成分析的测序平台和方法而达到。进化形成各种方法，如合成测序、杂交测序和连接测序来迎接这些挑战。

并入NGS技术的超高通量核酸测序系统通常产生大量短序列读段。序列处理方法应合意地快速且有效地组装和/或映射大量读段，以使计算资源的使用降到最低。举例来说，由对哺乳动物基因组测序产生的数据可以产生数千万或数亿读段，所述读段通常需要在其可以经过进一步分析以确定其生物、诊断和/或治疗相关性之前得到组装。

NGS技术的示例性应用包括(但不限于)：基因组变异体检测，如插入/缺失、拷贝数变异、单核苷酸多态性、基因组重测序、基因表达分析、基因组剖析等。

结构变异体，如大规模缺失、插入、倒位、基因组重排、基因融合体等可能与各种基因病症和癌症相关。结构变异体可能通常在细胞适当功能所必需的蛋白质的产生中引起显著中断。举例来说，基因组重排和基因融合体可能引起嵌合蛋白的mRNA编码，其具有来自一个蛋白质的第一部分和来自另一个蛋白质的第二部分。通常，这些嵌合蛋白不再像第一或第二蛋白一样起作用，并且可能引起规则性通路的中断。在癌细胞中，遭到中断的调节通路可能涉及细胞凋亡、细胞生长等的调节，并且由于基因融合体，癌细胞能够不受限制地生长。

从前文应了解，需要可以使用核酸测序数据检测基因融合体的系统和方法。

附图说明

为了更加全面地理解本文所公开的原理和其优点，现在参考下文结合附图进行的描述，其中：

图1是根据各种实施例说明示例性计算机系统的框图。

图2是根据各种实施例重构核酸序列的示例性系统的示意图。

图3是根据各种实施例的示例性基因分析系统的示意图。

图4是根据各种实施例说明示例性基因融合体的图解。

图5是根据各种实施例说明检测基因融合体的示例性方法的流程图。

图6是根据各种实施例说明示例性合成对照物的图解。

应理解，图式未必按比例绘制，图式中的物件也未必关于彼此按比例绘制。图式是打算为本文所公开的设备、系统和方法的各种实施例带来清晰性和理解的描绘。在可能的情况下，将在整个附图中使用相同参考数字来指代相同或类似部分。此外，应了解，附图并不打算以任何方式限制本教示内容的范围。

具体实施方式

用于检测基因融合体的系统和方法的实施例描述并说明于本文中。

本文所用的章节标题仅用于组织目的并且不应理解为以任何方式限制所描述的主题。