[发明专利]具有锁核酸的序列转换和信号扩增DNA以及使用其的检测方法

说明书

公开了检测样品中靶核酸的方法。所述方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下使所述样品与在足以减少非特异性背景信号扩增的选择位置处具有锁核酸的序列转换寡核苷酸接触。还公开了检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下使所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触，序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸二者均在足以减少非特异性背景信号扩增的选择位置处具有锁核酸。本文还提供了包含这种序列转换和信号扩增寡核苷酸的组合物和试剂盒。

相关申请的交叉引用

[不适用]

序列表

本申请包含一个序列表，其通过引用并入，并且以作为名称为“12350USLl_SeqList.TXT”的文本文件的方式与本申请一起提交。序列表文件是在2014年10月7日创建的，大小为17464字节。

基金

本文所披露的研究中至少有一部分得到了日本政府机构的日本科技机构(JST)的资助。

技术领域

检测样本中的靶核酸在各个领域都很重要，包括医学和生物学。许多组合物、测定平台和程序可用于检测特异性核酸分子。为了使检测是可重现的和准确的，这些方法要求没有或低水平的非特异性背景扩增。然而，扩增方法可能会产生影响结果的质量、准确性、可重复性和整体可靠性的假阳性信号。在一些试验中，可以在多种样品中检测到这些“假”阳性信号，包括含有非模板DNA(非靶DNA)的对照样品或甚至缺乏任何DNA模板的样品。

背景技术

用于从混合核酸序列群体扩增特定序列的一种常用方法是聚合酶链式反应(PCR)。由于典型的PCR在三个不同的温度下进行，所以反应可能遇到一些挑战，例如难以保持精确的温度，以及时间损耗随着扩增循环的数目而成比例地增加。双链模板DNA变性为单链(虽然在一定程度上依赖于特定序列)通常需要使用高“解链”温度，这限制了能够用于高热稳定的那些的DNA聚合酶的类别。因此，已经开发了等温扩增平台技术来在比PCR中使用的反应条件更温和的反应条件下检测核酸。然而，这些等温扩增技术尚未解决由能够干扰靶序列检测的高背景信号和非特异性扩增事件所呈现的挑战。

以下公开内容提供了用于在比PCR中使用的那些反应条件更不严格的反应条件下检测核酸序列(例如DNA或RNA)的替代方法和组合物。本方法和组合物保持序列选择性和灵敏度，其允许检测可能以低浓度在样品中的核酸分子和/或长度短的核酸分子。本方法和组合物还可以减小可能由非特异性和/或非目标依赖性的扩增事件引起的任何背景信号。在其它方面，本公开提供了新方法和核酸分子，其能够在低温、等温条件下提高样品中靶核酸的检测限，并且能够简化或改进样品制备和自动检测方法。

发明内容

在一个方面，本公开涉及一种检测样品中靶核酸的方法，所述方法包括使所述样品与如下物质接触：寡核苷酸(序列转换DNA或SC DNA)，所述寡核苷酸在5’至3’方向上包含信号DNA产生序列(A)、核酸内切酶识别位点(B)和具有至少一个化学修饰的核苷酸且与靶核酸的3’端互补的序列(C)；聚合酶；和用于切口反应的核酸内切酶。在该方面的实施方式中，该方法还包括确定信号DNA是否存在，其中信号DNA的存在表明在样品中存在靶核酸。