[发明专利]多程测序

权利要求书

1.一种使用纳米孔测序对靶序列进行测序的多程方法，所述方法包括：

i)提供包含单体单元的非天然存在的多联体核酸分子，所述单体单元包含(a)所述靶序列和(b)具有预定序列的非靶同步序列，

其中所述靶序列的相邻拷贝通过划分靶序列边界的非靶同步序列分隔，

其中所述多联体包括所述靶序列的多个拷贝和所述非靶同步序列的多个拷贝；以及然后

ii)对所述多联体中的所述靶序列的至少三个拷贝进行纳米孔测序，由此获得多程序列数据集，其中所述多程序列数据集包含所述靶序列的所述至少三个拷贝的靶序列数据集；以及

iii)使用所述多程序列数据集来确定所述靶序列，其中使用所述非靶同步序列来对齐所述多程序列数据集中的所述靶序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述纳米孔测序还包括对至少四个同步序列测序。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所有的所述同步序列是相同的。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其中所述同步序列比所述靶序列短。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述多程序列具有Q6、Q10、Q20、Q30、Q40或更高的精确度。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述多联体包含所述靶序列的至少5个拷贝。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述多联体包含所述靶序列的至少8个拷贝。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述多联体包括校准序列。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述提供所述多联体包括使包含所述靶序列的核酸片段环化以产生环状核酸；以及

使用所述环状核酸作为滚环复制的模板，从而提供多联体。

10.一种利用单纳米孔分辨率校准的纳米孔测序方法，其包括：

i)提供包含校准序列和靶序列的非天然存在的核酸分子；

ii)对所述核酸分子进行纳米孔测序，由此获得校准序列信息和靶序列信息，其中所述校准序列通过纳米孔的移位产生信号，该信号用于产生纳米孔特异性碱基调用模型；以及

iii)将所述纳米孔特异性碱基调用模型应用于所述靶序列信息来确定所述靶序列。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述方法进一步包括用多个纳米孔对所述核酸分子的多个拷贝进行纳米孔测序。

12.根据权利要求10所述的方法，其中所述方法进一步包括用单个纳米孔对所述靶序列的多个拷贝进行纳米孔测序。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述方法包括提供含有所述靶序列的所述多个拷贝的非天然存在的多联体核酸分子。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述提供所述多联体核酸包括滚环复制。

15.一种多联体核酸，其包含靶序列的多个拷贝和具有预定序列的多个非靶同步序列，其中所述非靶同步序列位于所述靶序列的相邻拷贝之间，其中所述多联体与纳米孔物理相关，其中所述多联体核酸进一步包括校准序列，其中所述校准序列是预定的。

16.根据权利要求15所述的多联体核酸，其中所述多联体核酸包含所述靶序列的至少10个拷贝。

17.根据权利要求15所述的多联体核酸，其中所述多联体核酸包含所述靶序列的至少50个拷贝。

18.根据权利要求15所述的多联体核酸，其中所述多联体核酸包含所述靶序列的至少100个拷贝。