[发明专利]用于乳腺肿瘤的病理分级的方法和试剂盒

说明书

本公开为一种用于鉴定受试者的乳腺组织中的肿瘤类型的方法。该方法包括下列步骤：执行一种或多种基于核酸的测定，用于依据第一测试模块和第二测试模块鉴定从受试者获得的乳腺组织中存在的突变，各测试模块均与一个或多个基因中的至少一个预定突变的检测相关联，且各测试模块均配置为提供与组织中检测到至少一个预定突变相对应的阳性结果或与样品中不存在可检测的预定突变相对应的阴性结果；以及基于所提供的第一和第二测试模块的结果来鉴定乳腺组织的肿瘤的类型。优选地，第一测试模块与MED12基因突变和/或RARA基因突变的检测相关联，而第二测试模块与FLNA基因突变、SETD2基因突变和/或MLL2基因突变的检测相关联。

技术领域

本公开涉及能够对受试者的乳腺组织进行病理分层或鉴定肿瘤类型的方法。更具体地，本公开的方法通过根据与感兴趣的突变相关联的预定测试模块检测或定位同时存在于乳腺组织中的突变来鉴定肿瘤类型、阶段或组。本公开还提供了被配置为能实现本公开的方法的试剂盒。

背景技术

乳腺纤维上皮肿瘤是以上皮和基质成分两相增殖为特征的病种。纤维上皮性乳腺肿瘤包括纤维腺瘤(FAs)和叶状肿瘤(PTs)，其后者可以根据组织学特征¹进一步细分为良性、边缘性以及恶性等级。FAs每年在世界范围内影响数百万妇女³，PTs发生的频率约占乳腺肿瘤的1％或更少，以及高达7％的亚洲乳腺癌⁴。与FAs相比，PTs具有更晚的中位发病年龄(35岁相对于43岁)，以及更高的局部复发倾向，远处转移也发生在一些恶性PTs中⁵。

以前的研究表明，PTs和FAs可能高度相关⁴。在PTs组织病理学检查中FA类似区域并不罕见，一些研究提出了从FA到PT的克隆发展^6-10。在分子水平上，最近在FAs和PTs中观察到RNA聚合酶II转录中介亚基12(MED12)外显子2的频繁突变^2,11-14，而基因表达和DNA甲基化分析已经涉及PT发展中的基因如HOXB13和HMGA2^15-17。更高的拷贝数变更率(CNA)也与更高级别的PTs相关^18,19，最近的一项研究使用靶向癌症基因组分析了少量PTs(n＝15，每等级5个)，揭示肿瘤蛋白p53(TP53)的复发突变和视网膜母细胞瘤蛋白(RB1)以及神经纤维瘤蛋白1(NF1)中单突变仅存在于高等级的PTs中¹¹。然而，与全面突变图谱已被广泛研究的乳腺癌(BCs)不同^20-23，对于连接不同类型的乳腺纤维上皮病变的遗传和分子关系，知之甚少。

PTs的诊断和分型经常对病理学家是个挑战，特别是区分良性PT与FA。这种分型在为患有FA、PT或BC的患者提供疾病特异性治疗方面具有临床重要性。

发明内容

本公开旨在提供一种用于对受试者的乳腺组织相关肿瘤的分级、鉴定或分类的方法。通过正确鉴定肿瘤的类型、阶段或组，本公开促进针对受试者的疾病特异性疗法。

本公开的另一个目的是使用一种或多种基于核酸的测定来辅助与受试者的乳腺组织相关的肿瘤类型的分级、鉴定或分类。本公开的方法使用基于核酸的测定，除了用于肿瘤分级的样品的物理检查之外，还提供可靠的结果用作支持性诊断工具。特别地，本公开的方法允许病理学家大体上区分良性PT与FA。

本公开的又一个目的是提供一种试剂盒，该试剂盒至少部分包含必需试剂，以促进上述一种或多种基于核酸的测定在所需的肿瘤分级中的表现。本公开的试剂盒可以以各种实施方案，在基于核酸的测定的不同平台下操作。