[发明专利]转基因玉米IE034外源插入片段3’端旁侧序列及检测方法

说明书

本发明提供转基因玉米事件IE034插入位点的外源插入片段的3'端旁侧序列及其应用。本发明还提供了用于检测该旁侧序列的引物、探针和试剂盒。本发明所提供的旁侧序列和引物适用于快速检测样品是否含有转基因玉米品系IE034，为转基因安全提供保障。

技术领域

本发明属于植物生物技术领域，具体涉及一种转基因玉米IE034 外源插入片段3'端旁侧序列及定性PCR检测方法，以及用于检测该序列的PCR引物、探针和试剂盒。

背景技术

玉米作为我国三大粮食作物之一，播种面积和总产量均居第二位，在我国粮食安全中发挥着重要的作用。近年来，国内玉米种植面积保持在5亿亩以上，同时，每年还要进口300万-500万吨的转基因玉米弥补消费缺口。而随着饲用玉米需求的刚性增长和近年来玉米深加工业的快速发展，国内玉米消费还将持续增长。但是病虫害、杂草、干旱、盐碱等生物或非生物胁迫严重影响了玉米生产。培育具有抗虫、抗除草剂、抗病等性状的转基因玉米品种并应用到实际生产中，能够减少玉米产量损失，减少农药化肥使用量。其中Bt蛋白的发现揭开了利用基因工程培育抗虫植物的序幕。Bt杀虫蛋白基因来源于苏云金杆菌(Bacillusthuringiensis即Bt杆菌)，是天然存在于土壤中的格兰氏阳性菌，在其芽孢形成过程中产生许多以结晶方式存在的蛋白质，这些蛋白质具有杀虫活性，通常也被称为Bt杀虫蛋白。Bt杀虫蛋白按氨基酸序列的同源性可分为45大类313种，Cry1Ie抗虫基因属于BT杀虫蛋白家族，是中国农业科学院植物保护研究所首次分离克隆出来的一种新的Cry基因，随后中国农业科学院作物科学研究所将Cry1Ie基因通过农杆菌介导法转入到了中国玉米优良自交系综31基因组中，获得了一个抗虫转基因玉米事件IE034，现已在进行环境释放阶段的安全评价，对于未来国内日益高涨的玉米需求，该抗虫玉米有可能进入商业化种植并推广。

转基因玉米IE034已申请“农业转基因生物安全评价证书”，因而其分子特征，包括插入序列、插入位点及其相应的检测方法都需要非常清晰，其中中国专利201210065919.X提供了转基因玉米事件 IE034插入位点的外源5'端旁侧DNA序列，该序列全长312bp。但目前尚不清楚转基因玉米事件IE034插入位点的外源3'端旁侧DNA 序列，关键原因是3'端旁侧序列结构更为复杂，受体基因组序列和载体序列间或出现，需要更精准的实验进行鉴定。因此3'端旁侧DNA 序列及鉴定方法是转基因玉米IE034安全管理不可或缺的部分。

发明内容

本发明的目的是提供转基因玉米事件IE034插入位点的外源插入片段的3'端旁侧DNA序列及其应用，以及用于检测该序列的PCR引物、探针和试剂盒。

为达到以上目的，本发明提供了转基因玉米IE034外源插入片段 3'端旁侧DNA序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，或者为SEQ ID NO.1所示序列的特异性片段。

本发明还提供了所述DNA序列在检测转基因玉米中的应用。

本发明还提供了用于检测权利要求1所述的DNA的特异性PCR 检测引物及探针，所述引物的核苷酸序列为：

上游引物：5'-CACTCCGCATACAGCTCGATAATCT-3'，

下游引物：5'-TATGGTCTTCTTGCTTCGTGCTTTT-3'；

探针为：5'-F-TACTCTTCCGAGCAAAGGACGCC-Q-3'。

可选的，在所述探针中，F为FAM、Hex、Tet、Joe、Vic、Fite、 Cy3或Cy5；Q为Tamra、Rox、Dabcy、Bhq1或Bhq2。

本发明还提供了一种转基因玉米IE034的检测试剂盒，所述试剂盒含有特异性PCR检测引物及探针，所述引物的核苷酸序列为：

上游引物：5'-CACTCCGCATACAGCTCGATAATCT-3'，