[发明专利]一种用于长牡蛎亲子鉴定的微卫星多重PCR方法有效
申请号: | 201610018599.0 | 申请日: | 2016-01-12 |
公开(公告)号: | CN105441576B | 公开(公告)日: | 2019-08-16 |
发明(设计)人: | 李琪;刘婷;于红 | 申请(专利权)人: | 中国海洋大学 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/686 |
代理公司: | 青岛海昊知识产权事务所有限公司 37201 | 代理人: | 孙洪叶 |
地址: | 266100 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 牡蛎 亲子鉴定 卫星 多重 pcr 方法 | ||
1.一种用于长牡蛎亲子鉴定的微卫星多重PCR方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取长牡蛎亲本和子代个体的DNA;
(2)长牡蛎多态性微卫星引物的筛选:根据引物筛选软件以及现有文献记载的长牡蛎引物序列,合成引物,并通过对长牡蛎个体进行PCR扩增,筛选出扩增稳定、特异性强的引物,所述引物包括正向引物、反向引物以及通用引物,所述通用引物上带有荧光标记;所述引物序列如下:
该引物序列包括18种正、反向引物以及1种带有荧光标记的通用引物序列;
(3)对步骤(1)得到的长牡蛎亲本和子代个体的DNA进行多重PCR扩增:对步骤(2)中筛选得到的引物进行组合,并通过优化PCR反应条件得到6组多重PCR组合;
所述的6组多重PCR组合如下:
(4)获得长牡蛎亲本和子代的基因型数据:对步骤(3)得到的多重PCR扩增产物进行荧光信号检测,从而获得亲本和子代的基因型数据;
(5)通过基因序列分析软件对上述得到的基因型数据进行分析对比,以对长牡蛎亲本和子代进行亲缘关系鉴定。
2.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,所述正向引物的5’端添加M13(-21)通用引物序列,荧光标记添加在M13(-21)通用引物序列的5’端。
3.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,上述步骤(3)中的多重PCR扩增的反应程序分为两步:前35个循环使用50℃~60℃的退火温度,后8个循环使用53℃的退火温度。
4.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,上述步骤(3)中的引物组合和优化PCR条件具体操作为:首先将所述各引物两两组合,选出扩增清晰的组合再进行3个位点的多重PCR体系的构建;通过优化退火温度、引物浓度、反应体系最终得出6组多重PCR组合。
5.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,上述步骤(4)中荧光信号检测采用毛细管荧光电泳方法。
6.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,所述的基因序列分析软件为Genemapper v4.0和Cervus 3.0。
7.如权利要求1所述的微卫星多重PCR方法,其特征在于,所述的长牡蛎子代DNA提取选取的实验材料是D形幼虫。
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