[发明专利]一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法

权利要求书

1.一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法，其特征在于，所述方法包括：

确定待测样品中需要检测的微生物的耐药性基因、所述待测样品中的内源标准基因和所述待测样品的外源标准基因，所述待测样品为粪便；

制备用于扩增所述耐药性基因、所述内源标准基因和所述外源标准基因的测试区域的多重扩增引物；

向所述待测样品中加入所述多重扩增引物不能扩增的外源核酸，得到混合样品；

提取所述混合样品的基因组；

向所述混合样品的基因组中加入所述外源标准基因，获得混合核酸；

利用所述多重扩增引物对所述混合核酸进行扩增，得到扩增产物，利用所述扩增产物构建高通量测序文库；

对所述高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组；

分析所述测序片段组，获得所述待测样品中所述耐药性基因的测序片段的数量、所述内源标准基因的测序片段的数量和所述外源标准基因的测序片段的数量，所述外源标准基因的质量与所述混合样品的基因组的总质量的比例大于1/100000；

根据所述外源标准基因的测序片段的数量和所述内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功，所述判断实验是否成功的方法为：当所述外源标准基因的测序片段的数量和所述内源标准基因的测序片段的数量均≥α1时，则实验成功；当所述外源标准基因的测序片段的数量或所述内源标准基因的测序片段的数量<α1时，则实验失败；其中，α1为判定阈值；

若所述实验成功，则计算所述待测样品中所述耐药性基因的含量，计算所述待测样品中所述耐药性基因的含量的方法为：第m种所述耐药性基因的含量的计算公式为其中，i为第m种所述耐药性基因的第i个测试区域，n1为所述第m种所述耐药性基因的测试区域的个数，bi为所述第m种耐药性基因的第i个测试区域的测序片段的数量，k为第k种所述内源标准基因，n3为所述内源标准基因的个数，j为第k种所述内源标准基因的第j个测试区域，n2为第k种所述内源标准基因的测试区域的个数，aj为第k种所述内源标准基因的第j种测试区域的测序片段的数量；N为所有所述内源标准基因的测试区域的总数；

根据所述耐药性基因的含量判定所述待测样品是否含有耐药性基因，判定所述待测样品中是否含有所述耐药性基因的方法为：所述耐药性基因的含量≥α2时，判定所述待测样品含有所述耐药性基因；当所有所述耐药性基因的含量<α2时，判定所述待测样品不含有所述耐药性基因；其中，α2为判定阈值。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述耐药性基因至少为1个，所述内源标准基因至少为1个，所述外源标准基因至少为1个。

3.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述内源标准基因为所述待测样品的微生物中的基因。

4.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述外源标准基因不存在于已知基因组的生物中。

5.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，用于扩增所述耐药性基因的引物的设计区域或扩增区域与所述待测样品中的生物的基因组的其它区域的同源性低于98％。