[发明专利]草鱼耐糖性能相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明提供一种草鱼耐糖性能相关的SNP标记及其应用，包括两个SNP位点H3和H4，所述H3位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列中自5′端起第1817位，且该位置处碱基为T或C；所述H4位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列中自5′端起第1818位，且该位置处碱基为G或T。本发明的SNP标记与草鱼耐糖性能密切相关，能够有效用于鉴定或选育耐高糖的草鱼品种。

【技术领域】

本发明涉及一种SNP标记及其应用，尤其涉及一种草鱼耐糖性能相关的SNP标记及其应用，属于分子标记领域。

【背景技术】

草鱼(Ctenopharyngodon idella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyngodon)，是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象，因草鱼生长速度快，肉质鲜美，深受人们喜爱。目前养殖草鱼还有一定的效益空间，但从生产支出看，2008年以来饲料成本不断上涨，饲料成本占了草鱼养殖的70％以上成本。因糖类属于三大营养物质中最廉价的供能物质，生产中经常增加糖的含量来降低饲料成本，虽然草鱼属于草食性鱼类，相对比杂食性鱼类和肉食性鱼类对糖利用能力高，但还是远远低于陆生畜禽类。饲料中糖类水平超过一定限度，会引发鱼类免疫力下降、生长缓慢、死亡率增高等症状。选育出可高效利用高糖饲料的新品种可大幅度降低草鱼养殖成本，因此，开发快速可靠的育种技术，进行草鱼耐高糖品种(系)的培育也是十分必要。

在开展常规选育研究的同时，开发和应用分子标记辅助育种技术可加快草鱼良种选育进程。SNP是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性，位于基因编码区的非同义SNP可导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要，最终引起生物表型的变化。此外，在SNP标记研究和应用中发现，基因组上相邻SNPs的等位位点倾向以整体形式遗传给后代，这种一组相关联的SNPs等位位点被称作单倍型(haplotype)。为了更有效的鉴定与性状密切相关的分子标记，必须对整个基因序列上的SNPs所构成的单倍型进行关联分析。

糖酵解是糖代谢的主要途径之一，丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK，EC2.7.1.40)是催化糖酵解的最后一步的关键酶，其催化磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)转变为丙酮酸，磷酸烯醇式丙酮酸的高能磷酸键在催化下转移给ADP生成ATP。饲料中糖的含量与鱼类PK的活性密切相关。因此，综合考虑PK在糖代谢过程中重要功能，开展草鱼PK基因多态性的研究很有必要。

【发明内容】

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种草鱼耐糖性能相关、能够有效用于鉴定或选育耐糖性能强的草鱼的SNP标记。本发明通过Bioedit2.0对样品的PKa序列进行比对，找到2个完全连锁的SNP标记的位点，并进一步分析这两个SNP标记组成的基因型与草鱼耐糖性能的关联性，以达到快速鉴别或选育耐糖性强的草鱼的目的。

所述的两个SNP标记的位点分别命名为H3(T+1817C)和H4(G+1818T)，其中，H3(T+1817C)位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列(草鱼PK基因片段)中自5′端起第1817位，且该位置处碱基为T或C；H4(G+1817T)位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列中自5′端起第1818位，且该位置处碱基为G或T。上述两个SNP位点完全连锁组成三种基因型：TTGG、TCGT和CCTT，分别命名为AA，AB和BB，发明人发现，基因型为AA(TTGG)的草鱼耐糖能力显著高于AB(TCGT)和BB(CCTT)草鱼。因此，通过检测草鱼的上述SNP标记的基因型，能够有效确定其耐糖性能，进一步地，本发明的SNP标记能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求对耐糖草鱼进行早期选择，并可以大大节约时间、成本低廉，准确性高。

上述SEQ ID NO：1的核苷酸序列如下(XY表示两个SNP位点)：