[发明专利]长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用

权利要求书

1.一种长牡蛎SNP标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

1）实验群体的获得：以长牡蛎养殖群体作为繁殖亲本，通过连续5代的选择育种而培育出的长牡蛎快速生长系；对照组为随机选择的长牡蛎养殖群体；快速生长系在壳高、壳长、壳宽、总重及软体部重5项生长指标上显著优于对照组（P0.01）；

2）验证群体的获得：在长牡蛎养殖群体中，以壳高和总重为选择指标，选出表型值的极大群体和极小群体，记为验证群体，用于验证通过步骤1）实验群体筛选得到的SNP标记位点；

3）利用从EST序列中开发的具有多态性且分型效果好的SNP标记进行基因分型，运用卡方检验分析SNP标记在快速生长系和对照组中的等位基因频率分布差异，初步筛选出9个SNP位点与生长性状相关联（P0.0001）；

用步骤3）中筛选出的9个SNP位点在验证群体中进行验证，经卡方检验最终得到3个与长牡蛎生长性状相关联的SNP位点（P0.01）；3个SNP位点的优势等位基因为jl027位点的等位基因G、jl090位点的等位基因C和jl615位点的等位基因C；所述3个SNP位点具体为

第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；

第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；

第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。

2.长牡蛎SNP标记在筛选快速生长长牡蛎亲本中的应用；所述SNP位点具体为

第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；

第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；

第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。

3.根据权利要求2所述的SNP标记在筛选快速生长长牡蛎亲本中的应用，其特征在于，该应用为：检测长牡蛎亲本在所述jl027、jl090和jl6153位点的等位基因，将同时具有jl027位点的等位基因G、jl090位点的等位基因C和jl615位点的等位基因C的个体选作亲本。

4.根据权利要求3所述的SNP标记在筛选快速生长长牡蛎亲本中的应用，其特征在于，该应用的具体方法为：

1）从待测亲本中剪取闭壳肌样品，提取DNA；

以提取得到的DNA为模板，利用所述3个SNP标记的引物进行PCR扩增和高分辨率熔解曲线分析技术对每个亲本样品进行基因分型，将同时存在jl027的等位基因G、jl090的等位基因C、jl615的等位基因C的个体保留，即为长牡蛎快速生长亲本。

5.根据权利要求4所述的SNP标记在筛选快速生长长牡蛎亲本中的应用，其特征在于，所述的高分辨率熔解曲线分析的反应体系为：

10×Buffer	1μl
dNTP	0.2mM
2]]>	1.5mM
上下游引物	0.2μM
Taq酶	0.25U
DNA模板	10ng
®9]]>	5μM
2O]]>	补至10μl

高分辨率熔解曲线分析的反应条件为：95℃预变性5mim，95℃变性10s；touchdown程序10s，为63℃-60℃，每个循环下降0.5℃；72℃延伸10s，10s末收集单个荧光，40个循环；95℃反应1min，40℃反应1min，同时收集荧光信号，1个循环；70-90℃读取荧光曲线，25次/℃。