[发明专利]长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用

说明书

本发明公开了长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用，属于分子生物学DNA标记技术与应用领域。本发明运用高分辨率熔解曲线分析技术和从EST公共数据库中挖掘出的108个SNP位点对连续选育5代的长牡蛎快速生长群体进行基因分型，通过关联分析得到3个与长牡蛎生长性状紧密相关的等位基因。所述3个SNP标记优势等位基因可应用于快速生长长牡蛎亲本的筛选，为快速生长长牡蛎的选育工作提供科学的辅助工具。该方法与传统育种方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单，检测快速、成本低，便于广泛推广使用。

技术领域

本发明属于分子生物技术领域，具体涉及一种与长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用。

背景技术

长牡蛎(Crassostrea gigas)又称太平洋牡蛎，属于瓣鳃纲，珍珠贝目，牡蛎科，自然分布于日本、中国和韩国沿海。长牡蛎具有环境适应性强、生长快、肉质细腻和营养丰富等优点，是世界上养殖范围最广、产量最高的经济贝类。长牡蛎是我国传统的重要养殖品种，但是近年来随着养殖集约化程度的提高和养殖海区环境的恶化，长牡蛎出现死亡率高、出肉率低、个体小型化等问题，严重影响了牡蛎养殖业的健康发展。因此，进行长牡蛎的遗传改良，培育具有优质、高产、抗逆等优良性状的新品种，已成为牡蛎养殖业亟待解决的问题。

传统的杂交、选择等育种手段在贝类的品种遗传改良中已初见成效。但是传统杂交方法费时、费力，育种效率低，且受人为因素影响较大，育种效果并不十分理想。随着分子生物学技术的快速发展，以分子标记为基础的分子标记辅助选择育种技术为水产动物的遗传改良提供了有力工具，可显著提高选择育种的效率和精确性。其中，SNP作为目前最具发展潜力的分子标记，因其在基因组中数量多、分布广且遗传稳定性高，易于实现高通量自动化分析的优势，已被广泛应用于动植物遗传育种研究中。如果SNP标记可以与长牡蛎生长性状相关联，就可以实现从DNA水平上进行选择育种，克服传统方法受人为因素影响较大的缺点，大大提高选择的准确性，并可在早期鉴定出具有优良性状的个体，从而缩短育种周期，加快育种进程。

发明内容

针对现有技术发展的现状，本发明的目的是提供了3个与长牡蛎快速生长相关的SNP等位基因，并建立了一种快速、准确、有效地利用SNP标记检测长牡蛎优良个体的方法，能够在早期就鉴定出具有生长优良性状的长牡蛎个体，大大缩短了长牡蛎育种周期。

为达到上述目的，本发明采取的具体技术方案如下：

长牡蛎快速生长相关的SNP标记，其特征在于：

第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；

第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；

第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。

所述的三种SNP标记的筛选方法，包括如下步骤：

1)实验群体的获得：以长牡蛎养殖群体作为繁殖亲本，通过连续5代的选择育种而培育出的长牡蛎快速生长系；对照组为随机选择的长牡蛎养殖群体；快速生长系在壳高、壳长、壳宽、总重及软体部重5项生长指标上显著优于对照组(P0.01)；

2)验证群体的获得：在长牡蛎养殖群体中，以壳高和总重为选择指标，选出表型值的极大群体和极小群体，记为验证群体，用于验证通过步骤1)实验群体筛选得到的SNP位点；

3)利用从EST序列中开发的具有多态性且分型效果好的SNP标记进行基因分型，运用卡方检验分析SNP标记在快速生长系和对照组中的等位基因频率分布差异，初步筛选出9个SNP位点与生长性状相关联(P0.0001)；