[发明专利]一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法

权利要求书

1.一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，包括以下步骤：

(1)选取至少3个花鲈待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；

(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；

(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；

(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，检测出SNP、Indel变异信息以及SSR位点，并根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；

(5)根据步骤(4)获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；

(6)利用步骤(5)所得的分子标记引物，引物序列为SEQ ID No.1-46所示，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。

2.根据权利要求1所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述步骤(1)采用Magen DNA提取试剂盒提取待开发样品的DNA，进行RAD-seq测序。

3.根据权利要求1或2所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述步骤(2)采用限制性内切酶EcoRI对基因组DNA样品进行酶切。

4.根据权利要求3所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述测序文库构建过程为：酶切后的基因组片段两端先后拼接P1和P2接头，经过PCR扩增和测序后，筛选获得含有P1和P2接头的DNA序列。

5.根据权利要求4所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述步骤(3)中，所有待开发样品的基因组进行Contigs组装，采用Stacks软件进行数据分析。

6.根据权利要求1所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述步骤(3)中利用Illumina HiSeq2000平台进行测序。

7.根据权利要求1所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，所述步骤(4)设计引物的条件为扩增片段长度为100-300bp，GC含量在40-60％之间。