[发明专利]一种用于鉴定糯玉米沪五彩花糯1号的SNP分子标记及其鉴定方法

说明书

一种用于鉴定糯玉米沪五彩花糯1号的SNP分子标记及其鉴定方法，该鉴定方法利用糯玉米沪五彩花糯1号2b‑RAD简并基因组测序而获得的9个SNP位点序列，并基于SNP位点序列设计9对AC‑PCR引物，再通过PCR扩增技术，经琼脂糖凝胶电泳，对获得的指纹图谱进行分析，根据9个SNP位点的电泳带型鉴定是否为糯玉米沪五彩花糯1号。本发明需用的检测样品量少，方法简便快捷，鉴定结果准确，有很好的应用推广前景。

技术领域

本发明属于生物鉴别技术领域，具体涉及一种用于鉴定糯玉米沪五彩花糯1号的SNP分子标记及其鉴定方法。

背景技术

糯玉米(Zea mays L.certaina kulesh)是玉米胚乳wx基因发生隐性突变而形成的一个具有丰富营养价值的特用玉米类型。我国是糯玉米的起源地，地方种质资源丰富，据统计中国国家种质库收录糯玉米种质超过900 多份。糯玉米品种鉴定不仅有助于玉米种质资源的高效利用，同样对玉米品系的遗传多样性研究也具有重要意义。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP在玉米基因组中分布广泛，在非编码区平均31bp存在1个SNP，而编码区则为 124bp存在1个SNP。SNP分子标记具有分布广泛、遗传稳定、具代表性、易于实现自动化分析等优势。但由于测序成本高、分析技术要求高等原因，目前人们对地方种质资源进行全基因组水平的SNP等分子标记分析的研究仍然较少。

近年来兴起的限制性酶切位点相关DNA(Restriction-site associated DNA,RAD)测序(RAD-seq)是一种利用限制性内切酶降低测序物种基因组复杂程度，反映部分基因组序列结构信息的测序技术。与单酶切RAD测序技术和双酶切RAD(Double digest RAD,ddRAD)测序技术相比，基于IIB 型限制性内切酶的RAD(IIB digest RAD,2b-RAD)测序技术具有酶切DNA 片段大小一致、文库构建简单快速、标签密度易于调节、成本低廉、准确性高等优势。该技术已成功用于基因分型、高精度连锁图谱构建、群体遗传结构分析、动植物重要经济性状的QTL定位、系统演化分析和分子流行病学研究等领域。

沪五彩花糯1号是由上海市农业科学院和上海农科种子种苗有限公司以申W48为母本、申W93为父本选育而成的五彩鲜食糯玉米，具有重要的农业价值和商业价值。沪五彩花糯1号产量表现为单穗重240～260g，亩产去苞叶鲜穗净重880kg，比对照苏玉糯5号增产16.2％；其主要特征为株型半紧凑，株高210cm，穗位高90cm，花丝粉红色，果穗长锥型，穗长18.1cm，穗粗4.82cm，穗行数15行，行粒数30个，籽粒呈紫、白、黑、红、黄五色，从春播出苗至采收约81天，采收期比对照苏玉糯5号早3天，生育后期保绿度好，籽粒较大，排列整齐，皮薄，糯性好，口感柔软，鲜食适口性好。然而，目前关于沪五彩花糯1号品种鉴定、遗传多样性分子基础等研究尚未展开。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于鉴定沪糯玉米五彩花糯1号的SNP 分子标记及其鉴定方法，该鉴定方法可快速鉴定某糯玉米品种是否为沪五彩花糯1号，简单、快速、高效，对研究沪五彩花糯1号的遗传多样性提供技术支持。

为达到上述目的，本发明的技术方案是：

一种用于鉴定糯玉米沪五彩花糯1号的SNP分子标记，所述SNP分子标记为利用沪五彩花糯1号2b-RAD简并基因组测序结果分析而获得，包括9个沪五彩花糯1号的SNP位点序列SNP1-SNP9，分子标记 SNP1-SNP9的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-9所示，具体序列见表1。

表1