[发明专利]一种鸭甲型肝炎病毒基因组序列通用测序方法

权利要求书

1.一种鸭甲型肝炎病毒基因组序列通用测序方法，其特征在于包括如下步骤：

(1)提取鸭甲型肝炎病毒RNA，并通过反转录制备鸭甲型肝炎病毒cDNA；

(2)鸭甲型肝炎病毒基因组5’端和3’端的扩增：使用5’RACE试剂盒、引物5gps1out和 5gps1in按照试剂盒说明套式PCR扩增DHAV基因组5’端；使用3’RACE试剂盒、引物 3GPS1-out和3GPS1-in按照试剂盒说明套式PCR扩增DHAV基因组3’端，将扩增的鸭甲型 肝炎病毒基因组5’端和3’端进行胶回收纯化备用；

(3)鸭甲型肝炎病毒基因组大片段的扩增：以DHAVcDNA为模板，分别使用引物对 DHV3897A-F、DHV3897A-R和DHV4867B-F、DHV4867B-R进行PCR扩增，将两扩增产物 进行胶回收纯化备用；

(4)将步骤(2)的扩增产物分别与T载体连接后转化大肠杆菌感受态细胞，转化成功 的菌株送测序公司进行测序，测序引物为T载体测序引物；

将步骤(3)的扩增产物分别与T载体连接后转化大肠杆菌感受态细胞，转化成功的菌株 送测序公司分别以引物对F1-F和F1-R、F2-F和F2-R、F3-F和F3-R、F4-F和F4-R、F5-F和 F5-R、F6-F和F6-R、F7-F和F7-R、F8-F、F8-R作为测序引物进行测序；

(5)以已知的鸭甲型肝炎病毒全基因组序列为参考，将各测序片段进行组装；

上述各引物序列如下：

5gps1out：CAATATTTCAGCACCACCTCC；

5gps1in：GGCCAAGGGRTGGTWGGCTAA；

3GPS1-out：TGTGTTGGMTATGACATC；

3GPS1-in：TTGAGTTTYTGAAGAGAAC；

DHV3897A-F：TCCCRAMCCCCTTAATTCAACG，

DHV3897A-R：TCCAACTCATGCTRGTGGCATCT；

DHV4867B-F：CAGGCCCTATTWTRGTTGTTGG，

DHV4867B-R：GGGTGGGGRGGAATAGTAAAGTAAA；

F1-F：TTGCTGTGTTGGGMTATGACATCA，

F1-R：GGGTGGGRGGAATAGTAAAGTAAA；

F2-F：AAGCTAGTGAYAARTATATTGG，

F2-R：TCTCCATAGCTRACRACATA；

F3-F：ATACTTGGAATWGGAMCACTTGG，

F3-R：GAATTTGATCCAKRACATCCTGT；

F4-F：ATTATGTTAGCAYTGTGTGATG，

F4-R：GGAGTCCAATTGAGTRAAYTTAGA；

F5-F：AAAAATGTATCGYCAYTATGGTGT，

F5-R：GTTCGGGTCGGTGWGTCCAYTCCA；

F6-F：TTGCGSTTYTTTGCCTATTT，

F6-R：CCCAATGCTRCAGCCCACAT；

F7-F：CCCTATGCCATCTTGGATCT，

F7-R：GGGATAAGAAYACYCCCCAT；

F8-F：CCAAACCCCTTAATTCAACG，

F8-R：ATCAACAGTRTTRGAGGTTCC；

引物序列中，W代表碱基G或T，M代表碱基A或C，Y代表碱基C或T，R代表碱基 A或G，K代表碱基G或T，S代表碱基G或C。

2.根据权利要求1所述的鸭甲型肝炎病毒基因组序列通用测序方法，其特征在于：所述 的鸭甲型肝炎病毒包括DHAV-1、DHAV-2、DHAV-3。