[发明专利]与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记及其检测方法

说明书

与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记及其检测方法，涉及水产养殖中的虾类耐热群体的检测。首先利用直接测序法提供一种与日本囊对虾热耐受性相关的SNP标记，所述与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记是核酸序列为SEQ ID NO.1的HSP60基因的第3289位点，其碱基为A或G。检测方法：日本囊对虾耐热性实验步骤；热耐受值的计算步骤；利用PCR‑RFLP技术进行基因分型步骤；不同基因型日本囊对虾个体热耐受性分析步骤。利用直接测序法、PCR‑RFLP法给出MjHSP60基因多态性，并对SNP多态性与日本囊对虾热耐受性进行关联分析，为筛选耐高温的SNP分子标记，开展日本囊对虾耐热品系的分子育种提供理论参考。

技术领域

本发明涉及水产养殖中的虾类耐热群体的检测，尤其是涉及一种与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记及其检测方法。

背景技术

日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的英文名为Kuruma shrimp，俗称斑节虾、竹节虾、花尾虾、蓝尾虾，是中国海水虾类养殖的重要种类。日本囊对虾属亚热带种类，最适温度范围为25～30℃，在8～10℃停止摄食,5℃以下死亡,高于32℃生活不正常。日本囊对虾的养殖受温度影响明显，超过一定的水温临界值，会造成较大面积死亡，在南方地区夏季高温养殖受限。近年来,为了提高日本囊对虾的生长速度和养殖效率,已有养殖户尝试在高温后期适当提前放苗,但目前缺少耐高温性状的评价方法以及高温养殖的技术标准,提前放苗的养殖结果很不稳定。因此亟需深入了解日本囊对虾的耐高温性状,为南方地区的高温季节养殖和耐高温品系的选育积累生物学资料。

国内外关于虾类的耐温研究见于南极磷虾、罗氏沼虾、中国对虾等，开展了温度对虾类代谢率、临界温度、耗氧率等影响的研究。在日本囊对虾方面，有学者报道了温度对消化酶活性、生长和成活率(江敏,臧维玲.温度对日本对虾幼虾生长与耗氧的影响[J].渔业现代化,2002(3):14-16.)的影响以及成虾和仔虾(李润寅,陈介康,姜洪亮,等.日本对虾仔虾的温度适宜性实验研究[J].水产科学,2001,20(3):17-18)对温度适应性的差异。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNP)即指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，作为第三代分子标记，具有数量众多、分布广泛、遗传稳定性更高、分型方法简易等优势，已经在育种领域具有十分重要的应用价值。在水产动物中研究人员筛选了一系列跟生长、抗病、抗逆相关的SNP分子标记。在日本囊对虾耐热方面的研究中，很少有耐热相关SNP筛选与检测的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记及其检测方法。

本发明首先利用直接测序法提供一种与日本囊对虾热耐受性相关的SNP标记，所述与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记是核酸序列为SEQ ID NO.1的HSP60基因的第3289位点，其碱基为A或G。

本发明还提供一种聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(Polymerase chainreaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)检测方法，对直接测序法得到的MjHSP60基因3289A/G进行检测，确定该位点与热耐受性状的相关性。

用于PCR-RFLP检测的引物，其上下游序列分别为：

HSP60NF5：CCGTGGCTACATCTCGC；

HSP60NR5：TCTTCAAGCGGTTCACTACA。

与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记的检测方法，包括以下步骤：

1)日本囊对虾耐热性实验步骤；

2)热耐受值(Upper thermal tolerance,UTT)的计算步骤；

3)利用PCR-RFLP技术进行基因分型步骤；