[发明专利]一种与牙鲆生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用

说明书

本发明涉及本发明提供了一种与牙鲆生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。通过候选基因关联分析法，对GH基因中SNP与牙鲆生长性状进行关联分析，获得了一个与生长性状相关的SNP标记，所述SNP标记可用于牙鲆标记辅助选育，缩短育种周期。

技术领域

本发明属于水产养殖中的筛选技术领域，具体涉及一种与牙鲆生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。

背景技术

牙鲆(Paralichthys olivaceus)，又名偏口、左口、左偏、牙片等，隶属于鲽形目(Pleuronectiformes)，牙鲆科(Bothidae)，牙鲆属，主要分布在俄罗斯远东地区、日本、韩国和我国沿海，属于土著种类。它个体大，生长快，味道鲜美，深受东亚各国的青睐。

鱼类生长激素(GH)是一种单链多肽激素，具有广泛的生理作用，能促进肌肉中的蛋白质合成，加速鱼类骨骼的纵向生长，同时生长激素还具有提高饵料转化效率，促进鱼类性成熟，增强鱼体对高盐环境的适应能力等重要作用。1985年，Sekine等克隆了第一个鱼生长激素(GH)基因的cDNA并将其重组到大肠杆菌成功获得表达后，GH基因的克隆和序列测定以及功能研究成为鱼类分子生物学和生理学研究的热点。虹鳟(Salmo gairdneri)，金枪鱼(Thnnus thynnus)，罗非鱼(Oreochromis niloticus)，鲤鱼(Cyprinus carpio)，大黄鱼(Pseudosciaena crocea)，牙鲆(Paralichthys olivaceus)等40余种鱼类生长激素基因先后被克隆。

目前国内外有关鱼类GH基因的研究主要集中在序列、结构分析、表达和分子系统的研究。有关鱼类GH基因多态性的研究也有报道，如Almuly等发现金头鲷(Sparus aurata)GH基因存在许多小卫星和微卫星重复序列，导致了金头鲷GH基因的多态性。刘峰等比较研究了鳜(Siniperca chuatsi)、大眼鳜(S.kneri)、斑鳜(S.schezeri)3种鳜鱼的GH基因内含子多态性，并构建了系统发育树，但未与其生长性状建立关联。倪静等利用PCR-SSCP检测到牙鲆GH基因部分外显子存在多态性，且与体重和头长存在一定连锁关系，另外还发现其第一外显子的微卫星座位不同基因型的幼鱼个体间表型性状存在极显著差异。

常规的选育是根据性状的表型而不是基因型进行选择，对目标性状缺乏有效选育手段，育种周期长，效率低。现代分子生物学技术的发展使根据与性状相关的基因或标记进行选育成为可能。目前尚未见与生长性状相关的牙鲆GH基因SNP标记的报道。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述问题，本发明提供了一种与牙鲆生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。通过候选基因关联分析法，对GH基因中SNP与牙鲆生长性状进行关联分析，获得了一个与生长性状相关的SNP标记，所述SNP标记可用于牙鲆标记辅助选育，缩短育种周期。

本发明所采用的技术方案为：一种与牙鲆生长性状相关的SNP位点，所述的SNP位点是序列为SEQ ID NO：1的GH基因中第4个内含子第33bp位置，其碱基为G或A。

本发明还提供了一种所述SNP位点的筛选方法，使用的上游引物的序列如SEQ IDNO：2所示；下游引物的序列如SEQ ID NO：3所示。

其中，SEQ ID NO：2的序列为AGGTTACATCCAAACTGTCAG；

SEQ ID NO：3的序列为GTGAGCTGGAGCACCGAACTC。

作为一种实施方式，在使用所述上游引物和下游引物对GH基因进行扩增的过程中，使用的反应体系为：总体积为50μL，DNA 1μL，10×buffer 5μL，Mg²⁺ 5μL，dNTP 1μL，引物1μL/条，Taq酶0.6μL，余量为水。