[发明专利]CNTN4基因SNP位点的应用及其检测引物与试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及CNTN4基因SNP位点的应用及其检测 引物与试剂盒。

背景技术

阅读障碍是一个基于特定神经组织的发育障碍，表现为阅读和拼写能力 损伤，且不能通过认知能力发育迟缓或智力低下来解释。发展性阅读障碍是 学龄儿童中最常见的一种学习障碍，且可以延续至成人期，可对其社会适应 性造成影响。中国学龄期人群阅读障碍发生率为4％到13％。国际上普遍认为 阅读障碍是遗传因素和环境因素综合作用的结果。

现有技术中，对阅读障碍的诊断标准主要参照文献Siok,W.T.,Niu,Z.,Jin, Z.,Perfetti,C.A.&Tan,L.H.Astructural-functionalbasisfordyslexiainthe cortexofChinesereaders.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.105,5561–6(2008)。按照 语文成绩，阅读成绩和瑞文评分进行筛选。该方法操作繁琐、耗时较长。

单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)是由单个核苷酸 的改变而引起的DNA序列的改变，造成染色体基因组的多样性。SNP分布广、 密度高，已成为继限制性片段长度多态性(RFLP)标志和微卫星即短串联重 复(STR)标志后的第三代遗传标志，在肿瘤、糖尿病等复杂疾病的研究中 起重要作用。其中，全基因组关联分析(GenomeWideAssociationStudy, GWAS)是研究这类复杂疾病易感基因的重要手段。

遗传学研究表明遗传因素对阅读障碍有很大影响，约占整个表型变异的 45％～75％。目前国内外不同人群的阅读障碍易感性研究，大部分是基于候选 基因的研究，但国外人群的全基因关联分析研究，尚未发现具有显著意义的 基因位点。而一些候选基因(如DYX1C1,DCDC2,KIAA0319,ROBO1, KIAA0319L,DOCK4,DRD2,ATP2C2,CMIP,GNPTAB,GNPTG和NAGPA)在中 国人群中有验证研究。但是，中国人群的阅读障碍的全基因关联分析研究尚 无报道，中国人群中也还没有一个大规模系统的阅读障碍全基因组关联分析 研究，因而缺乏针对中国人阅读障碍的易感位点。因此，亦尚无针对中国人 群的阅读障碍易感基因检测试剂盒。

因此，在中国人群中在全基因组层面研究阅读障碍的易感基因，并且对 相关易感位点进行检测，对于提高我国人口素质，降低阅读障碍的发生率将 具有重要意义。

发明内容

有鉴于此，本发明要解决的技术问题在于提供CNTN4基因SNP位点的 应用及其检测引物与试剂盒，本发明提供的引物与试剂盒适用于中国人群， 准确性良好。

本发明提供了CNTN4基因SNP位点rs12636975在制备评估人群阅读障 碍风险的产品中的应用。

本发明提供的CNTN4基因SNP位点rs12636975对评估中国人的人群阅 读障碍风险具有更好的特异性。

阅读障碍影响着人的生活、学习和事业，本发明研究发现，人群阅读障 碍风险与基因类型有关，特别是CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型 与阅读障碍关系密切。在阅读障碍全基因组关联分析研究方面，本发明是第 一个完全以中国一般人群为研究对象，本发明通过分析4338个学龄儿童，发 现一个新的SNP位点rs12636975与阅读障碍达到全基因组关联分析显著水准 (2.31×10^-8)，该位点位于CNTN4基因上。该基因位于3号染色体短臂，编码 轴突相关细胞粘性因子即接触蛋白-4。现有研究提示CNTN4基因与神经发育 异常有关，如自闭症等。本发明研究发现，CNTN4基因SNP位点rs12636975 的基因型为TT或TC，则低阅读障碍风险；CNTN4基因SNP位点rs12636975 的基因型为CC，则高阅读障碍风险。由于本发明的研究结果来自于中国人群， 具有很强的中国人群适应性，且样本量为目前最大的研究。

本发明还提供了一种评估人群阅读障碍风险的方法，根据CNTN4基因 SNP位点rs12636975的基因型评估人群阅读障碍风险；

CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为TT或TC，则低阅读障碍 风险；