[发明专利]一种开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法

权利要求书

1.一种开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）通过提取不同发育阶段的混合组织样本，进行RNA建库测序，获得黄姑鱼的基因表 达序列数据；

（2）对转录组序列利用MISA软件挖掘其中的SSR标记，选择部分SSR标记针对其测翼序 列设计引物，用于后续实验验证和筛选；

（3）使用黄姑鱼鱼鳍提取基因组DNA，用每一对SSR引物对不同黄姑鱼个体的基因组 DNA模板进行PCR扩增，对扩增产物进行毛细管电泳检测，从中筛选出扩增结果有差异的 引物，用于黄姑鱼的群体的多样性研究；

（4）利用所筛选的SSR引物对所鉴定黄姑鱼的基因组DNA进行遗传参数的分析，计 算各个SSR座位上的等位基因组成，基因杂合度和多态信息含量；

（5）根据SSR标记的多态性，选取等位多态信息含量高的位点作为后续的研究黄姑鱼 群体的研究；选取多个不同地区的人工养殖种群和野生种群，分析其中各个SSR位点的等位 基因频率分布，利用PopGene软件对所鉴定黄姑鱼品种与对照品种进行聚类，分析种群间 的遗传距离。

2.根据权利要求1所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，所 述的筛选SSR引物的要求是获得2-6个等位基因；等位基因分子量的差异在4bp以上；扩增 条带清晰可辨；重复验证时，条带大小误差不超过2bp。

3.根据权利要求1所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，所 述步骤（2）中，引物设计采用如下参数设置：Tm为55～65℃，引物长度为20bp±3bp，产物预 期长度为100bp～450bp；进行PCR扩增时，采用下述扩增体系:25μl,含有2mmol/LMgCl₂,100μmol/LdNTP,0.2μmol/L引物,1UTaq酶及50ngDNA。

4.根据权利要求1所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，所 述步骤（3）中，PCR扩增程序为94℃3min；94℃30s，58℃35s，72℃50s，38个循环；72℃ 3min；4℃保存。

5.根据权利要求1所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，所 述的扩增产物进行毛细管电泳检测采用的是Qsep100全自动核酸分析系统。

6.根据权利要求1所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，其特征在于，所 述的遗传距离是指基于Nei’s的遗传距离。

7.一种如权利要求1-6任一所述的开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法筛选得 到的SSR特异性引物，其特征在于，包括40个引物序列：如SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQ IDNO:3、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:6、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQID NO:9、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQID NO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQID NO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQID NO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQID NO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQID NO:39、SEQIDNO:40所示。