[发明专利]2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法在审
申请号: | 201610209047.8 | 申请日: | 2016-04-06 |
公开(公告)号: | CN105699663A | 公开(公告)日: | 2016-06-22 |
发明(设计)人: | 吴正治;孙珂焕;曹美群;黄飞娟;杨长青 | 申请(专利权)人: | 深圳市老年医学研究所;吴正治 |
主分类号: | G01N33/68 | 分类号: | G01N33/68 |
代理公司: | 北京国昊天诚知识产权代理有限公司 11315 | 代理人: | 刘戈 |
地址: | 518020 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 糖尿病 唾液 蛋白 指纹 图谱 分子 诊断 模型 建立 方法 | ||
1.一种2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在于,包括以下步 骤:
(1)样品收集;
(2)样品预处理:收集的唾液样品在2h内置于转速3000r/min的4℃低温离心机离心 10min,并按照50μl/管分装于冻存管,置于-80℃冰箱冷冻保存备用;
(3)纳米磁珠活化;
(4)唾液样品上样:④取5μl唾液样品,加10μl的U9裂解液,混合孵育30min后,加入185μ l的WashBuffer稀释;⑤向含有活化磁珠的PCR管中加入100μl处理好的唾液样品,室温孵 育30min,置于磁铁上孵育1min,去除上清液;⑥再往管中加入100μl的WashBuffer洗脱 5min,然后将PCR管置于磁铁上孵育1min,去除上清液;⑦重复步骤⑥一次;
(5)纳米磁珠洗脱:每个PCR管中加入10μl的ElutionBuffer,洗脱5min,放置于磁铁上 孵育1min,取5μl上清液移至另一个PCR管中,并加入5μl的CHCA饱和溶液充分混匀,吸取2μl 混合溶液加样到Au/Steel芯片上,风干,然后上机读取芯片,收集数据;
(6)数据采集;
(7)数据分析;
(8)建立诊断模型:采用决策树算法计算出多个变量变化对两样本的判别价值,确定诊 断模型。
2.如权利要求1所述的2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在 于,步骤(1)所述样品收集方法为:2型糖尿病组和正常对照组在取材前一天晚上临睡前清 水漱口,之后不再进食任何食物和药物,于第二天清晨起床漱口后空腹取材,前5min内的唾 液自然吞下后开始收集,收集到的唾液置于冰浴预冷的50ml具塞离心管内,每个临床病例 共采集唾液样品2-3毫升,将每个装有唾液样本的所述离心管置于冰盒里,4℃保存。
3.如权利要求2所述的2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在 于,步骤(3)所述纳米磁珠活化方法为:①取WCX纳米磁珠50μl加入到200μl的PCR管,置于磁 铁上孵育1min,去除上清液;②再加入100μl的WashBuffer洗脱5min,在磁铁上孵育1min, 去除上清液;③重复步骤②一次。
4.如权利要求3所述的2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在 于,步骤(6)所述数据采集方法为:数据采集前,用多肽标准芯片校正仪器,激光离子流为 0.5;采用质谱仪读取芯片信息,设置激光强度为190,灵敏度为5,收集数据的质荷比范围为 2000~25000m/z,信号收集位置40~60,平均每点收集20次,收集总点为100次。
5.如权利要求4所述的2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在 于,步骤(7)所述数据分析方法为:所有原始数据先做总离子强度及分子量校正,使其达到 均一;对位于2000~25000m/z峰值,过滤噪音,设置初始的噪音过滤值为5,二次信噪比为2, 以10%为最小阈值进行聚类,经上述数据预处理后,t检验比较2型糖尿病组和正常对照组 唾液蛋白质质谱数据,找出2组之间表达差异有统计学意义的蛋白质峰,P<0.05为差异有 统计学意义。
6.如权利要求5所述的2型糖尿病唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法,其特征在 于,步骤(7)中,在质谱峰为2000~25000m/z范围内总共检测到155个差异蛋白峰,其中有80 个在2型糖尿病组和正常对照组的差异P<0.001,有极显著意义,所述2型糖尿病组和正常 对照组之间具有统计学意义的差异表达蛋白质峰有80个,所述80个差异表达蛋白质峰具体 如下:
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