[发明专利]胃癌环状RNA的处理方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种获取作为中间结果的胃癌基因信息，特别是涉及一种胃癌环状RNA的处理方法。

背景技术

胃癌(Gastric cancer，GC)是一种发生于消化道中胃粘膜上皮的恶性肿瘤。据有关报道表明，全世界有超过100万的胃癌患者，其中每年死于胃癌的病人高达700,000人。胃癌已成为全球第四大常见癌症，并且位居癌症死亡病因的第二位。由于胃癌具有高发病率、无明显的临床症状、侵袭转移特征以及其低治愈率等特征，使其成为目前临床面临的主要疾病之一。近20年来，胃癌发病率呈现不断上升的趋势，而我国胃癌的发病率及其死亡率都处于全世界较高的水平。胃癌不但严重危害着人体健康，还给家庭、国家、社会带来严重负担，阻碍社会经济发展，它已成为一个需要迫切解决的社会公共卫生问题。

目前，治疗胃癌的主要手段是手术切除。早期胃癌患者手术切除病灶后5年生存率可达90％以上，是理想的治疗手段，但多数患者在确证为胃癌时已属于进展期。造成胃癌死亡率居高不下的主要原因是其早期症状多缺乏特异性，处于I期时的检出率仅占10％，约三分之二的患者在确诊时已经处于中晚期或已出现淋巴结、血行转移，其五年生存率仅为20～30％。胃癌的发生涉及多种因素，包括幽门螺旋杆菌感染、饮食、环境、遗传等，因此对其检测和预防具有很大困难。近年来，尽管不断有与胃癌相关的癌基因、抑癌基因以及肿瘤信号通路等被发现和证实，但其发病机制尚未完全清楚。因此，寻找新的生物学靶标用于监测和干预胃癌的癌变，成为胃癌防治急需解决的重要问题。

发明内容

基于此，有必要针对上述问题，提供一种胃癌环状RNA的处理方法。

一种胃癌环状RNA的处理方法，包括以下步骤：

获取已经脱离人体的胃癌组织和正常癌旁组织，并冷冻；

分别提取所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA；

分别筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA中的circRNA及mRNA，并分别与表达芯片杂交；

分别筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织差异表达的circRNA及mRNA，并对所述胃癌组织及正常癌旁组织显著差异的circRNA与mRNA进行整合分析。

在其中一个实施例中，在筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA中的circRNA及mRNA步骤之前，还包括：检测所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA的浓度及纯度，以及检测所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA的完整性。

在其中一个实施例中，使用NanoDrop ND-1000分光光度计检测所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA的浓度及纯度。

在其中一个实施例中，使用变性琼脂糖凝胶电泳法检测所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA的完整性。

在其中一个实施例中，利用TRIzol试剂提取所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA。

在其中一个实施例中，筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA中的circRNA，包括如下步骤：

利用核糖核酸酶R分别消化所述胃癌组织及正常癌旁组织的总RNA，去除所述总RNA中的线性RNA并富集circRNA；

对富集后的circRNA进行扩增，并利用随机引物法将扩增后的circRNA转录成荧光cRNA探针；

利用试剂盒纯化荧光cRNA探针；

利用NanoDrop ND-1000分光光度计检测荧光cRNA探针的浓度和活性。

在其中一个实施例中，筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织差异表达的circRNA，包括如下步骤：

分别扫描与circRNA杂交后的表达芯片，并将扫描图片导入Agilent Feature Extraction软件并读值，得到原始数据；

采用R软件包对所述原始数据进行归一化及后续分析；

利用Fold Change和P-value筛选出所述胃癌组织及正常癌旁组织差异表达的circRNA。

在其中一个实施例中，所述胃癌组织及正常癌旁组织的circRNA的差异表达基因包括：hsa_circRNA_400071、hsa_circRNA_000792、hsa_circRNA_000543、hsa_circRNA_001959、hsa_circRNA_400066及hsa_circRNA_001066。

在其中一个实施例中，所述胃癌组织及正常癌旁组织的mRNA的差异表达基因包括：MYH9、CD44、MALAT1、CXXC5、ARVCF及ARIH1。