[发明专利]一种鉴定小麦籽粒性状的特异SNP及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定小麦籽粒性状的特异SNP及其应用。本发明提供了一种鉴别或辅助鉴别小麦籽粒性状的方法，包括如下步骤：检测待测小麦的基因组DNA中基于488SNP位点的基因型为AA基因型、AC基因型还是CC基因型；AA基因型小麦的籽粒性状优于CC基因型小麦；所述籽粒性状优体现为千粒重高和/或粒长长。本发明开发了与小麦籽粒性状相关的SNP位点，并在该SNP位点的基础上设计了基于KASP技术的引物组。应用本发明提供的引物组鉴定小麦籽粒性状，具有快捷、方便、准确等优点。本发明对于选育具有不同籽粒性状的小麦具有极好的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定小麦籽粒性状的特异SNP及其应用。

背景技术

小麦是世界上种植面积最大的粮食作物，在我国，小麦的种植面积仅次于玉米和水稻，占粮食总产值的21％左右。小麦产量是直接影响我国人民生活水平高低和国家粮食安全与否的重要因素。提高小麦产量、使其高产稳产一直以来是我国小麦育种家们长期追求的主要目标。然而，目前我国小麦生产处于缓慢发展阶段，小麦单产年均增长不到0.8％。随着人口的增长、城镇化、土地沙漠化和盐碱化，粮食种植面积将日益减少，这与粮食消费需求不断刚性增长的矛盾越来越突出和严重。因此，利用分子生物学技术克隆小麦产量相关功能基因，并以此开发功能性分子标记，为小麦分子标记辅助育种提供重要参考基因资源，对加速我国小麦育种进程、提高我国小麦产量方面具有重要的科学意义和实际应用价值。

粒重是产量的三要素之一，决定粒重的关键因素包括粒型和籽粒的灌浆速率。在生产和育种实践中，千粒重常被用作为衡量籽粒大小的指标，主要由粒型性状指标(如粒长、粒宽和粒厚等影响要素)构成并与产量呈显著正相关关系。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴定小麦籽粒性状的特异SNP及其应用。

本发明提供了一种鉴别或辅助鉴别小麦籽粒性状的方法，包括如下步骤：检测待测小麦的基因组DNA中基于488SNP位点的基因型为AA基因型、AC基因型还是CC基因型；AA基因型小麦的籽粒性状优于CC基因型小麦；所述籽粒性状优体现为千粒重高和/或粒长长。

本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦籽粒千粒重的方法，包括如下步骤：检测待测小麦的基因组DNA中基于488SNP位点的基因型为AA基因型、AC基因型还是CC基因型；如果为AA基因型、待测小麦候选为高千粒重小麦；如果为CC基因型、待测小麦候选为低千粒重小麦；所述高千粒重小麦为籽粒千粒重≥35g的小麦；所述低千粒重小麦为籽粒千粒重＜35g的小麦。

本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦籽粒粒长的方法，包括如下步骤：检测待测小麦的基因组DNA中基于488SNP位点的基因型为AA基因型、AC基因型还是CC基因型；如果为AA基因型、待测小麦候选为长粒长小麦；如果为CC基因型、待测小麦候选为短粒长小麦；所述长粒长小麦为籽粒粒长≥0.65mm的小麦；所述短粒长小麦为籽粒粒长＜0.65mm的小麦。

以上任一所述方法中，“检测待测小麦的基因组DNA中基于488SNP位点的基因型为AA基因型、AC基因型还是CC基因型”的方法包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用特异引物组进行PCR扩增，通过检测PCR扩增产物得到基因型结果。

所述特异引物组为引物组Ⅰ或引物组Ⅱ；

所述引物组Ⅰ由488F1、488F2和488C组成；

所述引物488F1为如下(b1)或(b2)：

(b1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；

(b2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子；

所述488F2为如下(b3)或(b4)：

(b3)序列表的序列6所示的单链DNA分子；