[发明专利]基因序列比对方法和装置

权利要求书

1.一种基因序列比对方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取待比对序列中预设长度子序列的索引值；

根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列；

判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果；

根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对；

所述根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对，包括：

若所述判断结果为所述待比对序列和所述比对序列相同，则将所述索引值作为所述待比对序列的位置信息；

若所述判断结果为所述待比对序列和所述比对序列不同，则判定所述待比对序列中存在插入缺失；

所述判定所述待比对序列中存在插入缺失，还包括：

获取所述待比对序列的第一子序列和第二子序列，其中，所述第一子序列为所述待比对序列的首部预设长度的子序列，所述第二子序列为所述待比对序列的尾部预设长度的子序列；

分别获取所述第一子序列的第一索引值和所述第二子序列的第二索引值；

获取所述第一子序列和所述第二子序列在所述待比对序列中的位置差值；

根据所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值检测所述插入缺失。

2.如权利要求1所述的基因序列比对方法，其特征在于，所述根据所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值检测所述插入缺失，包括：

将所述第一索引值和所述第二索引值作差，得到索引差值；

将所述索引差值和所述位置差值作比对，得到比对结果；

在所述比对结果为所述索引差值大于所述位置差值时，判定所述待比对序列相比于所述参考基因序列缺失碱基；

在所述比对结果为所述索引差值小于所述位置差值时，判定所述待比对序列相比于所述参考基因序列插入碱基。

3.如权利要求1所述的基因序列比对方法，其特征在于，在所述获取待比对序列中预设长度子序列的索引值之前，还包括：

从预设索引表中获取待比对序列中预设长度子序列的索引值。

4.如权利要求1所述的基因序列比对方法，其特征在于，通过以下步骤建立所述预设索引表：

获取所述参考基因序列中所有的预设长度的子序列，并获取所述所有的预设长度的子序列中每个子序列在所述参考基因序列中的对应的位置；

将所述所有的预设长度的子序列和所述对应的位置对应存储，以生成所述预设索引表。

5.一种基因序列比对装置，其特征在于，包括：

第一获取模块，用于获取待比对序列中预设长度子序列的索引值；

读取模块，用于根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列；

判断模块，用于判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果；

对比模块，用于根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对；

所述对比模块具体用于：在所述判断结果为所述待比对序列和所述比对序列相同时，将所述索引值作为所述待比对序列的位置信息；在所述判断结果为所述待比对序列和所述比对序列不同时，判定所述待比对序列中存在插入缺失；

第二获取模块，用于获取所述待比对序列的第一子序列和第二子序列，其中，所述第一子序列为所述待比对序列的首部预设长度的子序列，所述第二子序列为所述待比对序列的尾部预设长度的子序列；

第三获取模块，用于分别获取所述第一子序列的第一索引值和所述第二子序列的第二索引值；

第四获取模块，用于获取所述第一子序列和所述第二子序列在所述待比对序列中的位置差值；

检测模块，用于根据所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值检测所述插入缺失。

6.如权利要求5所述的基因序列比对装置，其特征在于，所述检测模块包括：

作差子模块，用于将所述第一索引值和所述第二索引值作差，得到索引差值；

对比子模块，用于将所述索引差值和所述位置差值作比对，得到比对结果；

判定子模块，用于在所述比对结果为所述索引差值大于所述位置差值时，判定所述待比对序列相比于所述参考基因序列缺失碱基；

所述判定子模块还用于：在所述比对结果为所述索引差值小于所述位置差值时，判定所述待比对序列相比于所述参考基因序列插入碱基。