[发明专利]基因序列比对方法和装置

说明书

本发明提出一种基因序列比对方法和装置，该基因序列比对方法包括获取待比对序列中预设长度子序列的索引值；根据索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列；判断待比对序列和比对序列是否相同，得到判断结果；根据判断结果对待比对序列进行比对。通过本发明能够有效提升基因序列比对效率，提升用户体验。

技术领域

本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种基因序列比对方法和装置。

背景技术

基因序列是包含ACGT四种碱基的长字符串，例如，人的基因序列有大概30亿个碱基。短基因序列只包含几十到几百个碱基，短基因序列是由基因序列打碎用测序仪测量得到的。在基因序列比对的一些应用场景下，需要将短基因序列回帖到参考基因序列中去，找出短基因序列在参考基因序列中的位置，及两者间差异(例如，测量误差以及短基因序列和参考基因序列存在的差异)。

相关技术中，通过高通量测序序列比对软件对参考基因序列建立预设索表引来提高搜索速度，将参考基因序列中各个子序列和对应的位置信息存入预设索表引，然后提取出相应的参考基因序列与短基因序列进行比较，筛选差异程度在允许范围内的最佳比对结果。由于测序生成的短基因序列的长度较早期增加显著，比对结果允许的差异程度较大，包含多个缺失碱基和插入碱基，现有的比对软件，例如，BWA-MEM，BOWTIE2，SOAP3-dp均采用计算机指令集加速的动态规划匹配算法来进行比对。

这种方式下，采用计算机指令集加速的动态规划匹配算法相比传统的动态规划算法，虽然速度有很大的提升，但耗时较多，基因序列比对效率较低。

发明内容

本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。

为此，本发明的一个目的在于提出一种基因序列比对方法，能够有效提升基因序列比对效率，提升用户体验。

本发明的另一个目的在于提出一种基因序列比对装置。

为达到上述目的，本发明第一方面实施例提出的基因序列比对方法，包括：获取待比对序列中预设长度子序列的索引值；根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列；判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果；根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对。

本发明第一方面实施例提出的基因序列比对方法，通过获取待比对序列中预设长度子序列的索引值，根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列，判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果，根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对，能够有效提升基因序列比对效率，提升用户体验。

为达到上述目的，本发明第二方面实施例提出的基因序列比对装置，包括：第一获取模块，用于获取待比对序列中预设长度子序列的索引值；读取模块，用于根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列；判断模块，用于判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果；对比模块，用于根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对。

本发明第二方面实施例提出的基因序列比对装置，通过获取待比对序列中预设长度子序列的索引值，根据所述索引值从参考基因序列中读取对应的比对序列，判断所述待比对序列和所述比对序列是否相同，得到判断结果，根据所述判断结果对所述待比对序列进行比对，能够有效提升基因序列比对效率，提升用户体验。

本发明附加的方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。

附图说明

本发明上述的和/或附加的方面和优点从下面结合附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：

图1是本发明一实施例提出的基因序列比对方法的流程示意图；

图2是本发明另一实施例提出的基因序列比对方法的流程示意图；