[发明专利]与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记

说明书

本发明涉及分子标记，具体公开了一种与白叶枯病抗性基因紧密连锁的SNP分子标记K_060569，其序列如SEQ ID No.1所示，第61bp位点处的碱基为C或G。本发明进一步提供了利用KASP反应可高通量的对水稻材料进行Xa7抗性基因检测的引物组合，及所述分子标记和所述引物组合在检测白叶枯病抗性基因Xa7和在水稻抗病性辅助育种中的应用。本发明应用KASP技术对所寻找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、精确的检测Xa7基因，大幅提高基因转育的效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，操作简便，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染、甲醛对人体的危害。

技术领域

本发明涉及分子标记，具体地说，涉及一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记。

背景技术

水稻白叶枯病菌具有生理小种专化性，品种的抗性基本上都是受核基因组中的主效抗性基因控制，自世纪年代日本科学家利用黄玉和兰泰耶玛斯与金南风杂交后代分析其对日本菌群抗性反应，鉴定出并命名个显性抗性基因后，有关水稻白叶枯病抗性基因的鉴定与发掘研究就没停止过。1975年以后，国际水稻研究所(用菲律宾生理小种先后鉴定出个抗病基因(章琦，2007)。其他国家科研人员也相继鉴定出一批抗性基因，但由于各国科学家使用的菌系不同，其鉴定结果缺乏国与国之间的可比性，在一定程度上影响到这一研究领域的进展。因此从1982年开始，IRRI与日本科学家开始合作进行白叶枯病基因鉴定工作，创建了水稻白叶枯病抗性基因鉴别系统，到1987年确认了Xa1、Xa2、Xa3、Xa4、Xa5、Xa6、Xa7、Xa8、Xa10、Xa11、Xa12等11个抗性基因的存在(Ogawa et al.,1987)。随后有更多的基因被鉴定、定位与克隆。截至到目前，已确认和报道的白叶枯抗性基因有38个，命名排序至Xa38(虞玲锦等，2012；国家水稻数据中心)。其中有26个为显性基因，其余为隐性基因；已经被定位的有26个，其中有8个基因已被克隆，分别为Xa1、Xa5、Xa27、Xa13、Xa3/Xa26、Xa4、Xa21和Xa23(王春连，2006；裴庆利等，2011；国家水稻数据中心)。

目前，育种家们通过分子标记辅助选择(molecμLar assisted selectoin，MAS)，已利用Xa4、Xa21和Xa23选育出了许多抗病恢复系品种，如IR26、IR28、IR30、IR32、IR36、IR50、IR54等。国内大面积种植的杂交稻中大多含有Xa4基因，不过长期大面积地使用单一抗源已经导致了新致病菌株的进化，杂交稻抗病的持久性得不到保证。

Xa7基因源于孟加拉稻种DV85和DV86，是一个具有广谱抗性的显性抗白叶枯病基因，国际水稻所将DV85与IR24回交，构建了含Xa7的近等基因系IRBB7；我国一个强优恢复系水稻品种“镇恢084”以91-2156为母本，与由DV85选育的抗病品系R19杂交而成，该品种也带有Xa7基因。因此，利用MAS等现代育种技术，将Xa7基因导入主栽的杂交稻恢复系中，有望大大提高我国水稻的抗病性和生产安全。

然而，由于Xa7基因还没有被克隆，无法设计基因功能标记。以致在传统水稻育种中抗白叶枯病基因Xa7未得到较好的利用。

因此，当前仍需进一步探索新的白叶枯病抗性基因紧密连锁的分子标记，从而为加快水稻抗病遗传基础和抗病育种研究提供技术支撑。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP(single nucleotide polymorphism)分子标记K_060569和K_060570及其应用。

为了实现本发明目的，本发明的技术方案如下：

第一方面，本发明提供了一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记K_060569，其序列如SEQ ID No.1所示，第61bp位点处的碱基为C或G。