[发明专利]与南瓜皮色基因连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及与南瓜皮色基因连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

果皮颜色是果实外观品质的重要指标，也是影响商品价值的重要因素。中国南瓜是南瓜属的三个栽培种之一，国外的中国南瓜多为纯色的黄皮品种或者墨绿皮品种，而我国主要栽培的是浅黄花斑皮品种，而不带花斑的品种较少。近年来，纯色的黄皮或墨绿皮品种较受欢迎，但由于目前我国的资源大多是带花斑的浅黄或橙色品种，尚不能解决市场的纯色皮的需求，为了满足消费市场的需求，我国引进了部分墨绿色品种。开展品质优良的纯色品种选育是未来南瓜品质育种的重要目标之一。传统育种方式选育纯色品种虽然可行，但是耗时费力，大大影响我国的南瓜育种事业。随着高通量测序技术的成熟，特别是大量的SNP(单碱基扩增多态性)标记的开发，应用高密度遗传图谱的方法开展植物性状基因定位成为挖掘植物基因的热点之一。特别是南瓜的全基因组测序尚未完成，利用高通量测序技术开发大量的SNP标记，开发性状连锁的分子标记进行品种的初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期提高育种效率。因此，进行南瓜果皮颜色的基因定位，筛选紧密连锁的分子标记，建立早期辅助选择技术体系，对果皮颜色的遗传改良具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供与南瓜皮色基因连锁的SNP标记位点，dCAPS标记开发及其应用。

本发明所采取的技术方案是：

与南瓜皮色基因紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记63809或分子标记30774，定位于中国南瓜8号连锁群上，分别位于皮色基因两侧。

所述分子标记63809包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第195位碱基是SNP位点，其碱基为C或T；当SNP所在位点全为C时，与分子标记63809紧密连锁的南瓜皮色基因在果实中的表型为墨绿色，当SNP所在位点全为T或者为C/T时，则果实表型为浅绿色。

所述分子标记30774包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列，所述SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第32位碱基是SNP位点，其碱基为A或T；当SNP所在位点全为A时，与分子标记30774紧密连锁的南瓜皮色基因在果实中的表型为墨绿色，当SNP位点的基因型全为T或者为A/T时，则果实表型为浅绿色。。

用于扩增以上所述的SNP分子标记的引物对。

作为优选的，所述引物对为dCAPS引物对。

进一步优选的，用于检测分子标记63809的dCAPS引物对的核苷酸序列如下所示：

F1：5’-TTCCAACAATTTCCCTCTACTGCGG-3’(SEQ ID NO.3),

R1：5’-TTGCTATTTTCTTGCATTCGATATCCAT-3’(SEQ ID NO.4)，

其对应的限制性核酸内切酶为NlaIII。

用于检测分子标记30774的dCAPS引物对的核苷酸序列如下所示：

F2：5’-CTTGATGAAATTTCCAGAGCCAAAAAGTCAG-3’(SEQ ID NO.5)，

R2：5’-TGCAAAAGATGGAGCGGCGTGTC-3’(SEQ ID NO.6)，

其对应的限制性核酸内切酶为Hpy188I。

以上所述的SNP分子标记、引物对在南瓜果皮颜色辅助育种中的应用。

一种用于南瓜果皮颜色辅助育种的试剂盒，其包括用于检测分子标记63809和/或分子标记30774SN的试剂。

一种南瓜果皮颜色辅助育种的方法，包括如下步骤：

(1)提取待测南瓜基因组DNA；

(2)利用特异性引物对进行PCR扩增；

(3)对PCR产物进行测序，确定SNP位点的基因型，从而判断果皮颜色；或者使用对应

的限制性核酸内切酶对PCR产物进行酶切，根据酶切结果判断果皮颜色。

本发明的有益效果是：

本发明所筛选得到的分子标记63809和分子标记30774与南瓜果皮皮色基因紧密连锁，两标记间的遗传距离为1.04cM，可直接用于果皮皮色基因分子标记辅助育种体系的建立。根据两分子标记设计的dCAPS扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种，为南瓜外观品质分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。

附图说明

图1为墨绿果皮的母本(P1)和浅绿果皮的父本(P2)；