[发明专利]一种基于CRISPR的大肠杆菌ST131系菌株检测引物、试剂盒及检测方法

说明书

本发明公开了一种基于CRISPR的大肠杆菌ST131系菌株检测引物、试剂盒及检测方法，属于分子生物学技术领域。该引物针对CRISPR3位点基因序列或者与该序列同源性达95％以上的同源序列设计合成，具体见序列表中SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2。本发明中检测方法以待测样本基因组DNA或单菌落为模板，利用上述引物进行PCR扩增，扩增产物与阳性对照有相同条带的判定为疑似阳性，回收疑似阳性的扩增产物，进行测序分析，检测出SEQ ID NO.4所示序列的判定为大肠杆菌ST131系菌株阳性。该检测方法操作简单，灵敏度高，特异性好，检测结果准确、可靠。

技术领域

本发明涉及一种基于CRISPR的大肠杆菌ST131系菌株检测引物，同时还涉及包含该引物的试剂盒以及大肠杆菌ST131系菌株检测方法，属于分子生物学技术领域。

背景技术

大肠杆菌ST131系是近年来在肠外致病性大肠杆菌中兴起的一个主要谱系，该类菌株常伴随着多耐药性状的出现，其常携带编码超光谱β-内酰胺酶、产KPC-2碳青霉烯类等的耐药基因，对于多耐药菌株在世界范围内扩散和流行具有重要意义(YasufumiMatsumura,Johann D.D.Pitout,Ryota Gomi,et al.Global Escherichia coli SequenceType 131Clade with blaCTX-M-27Gene[J].Emerging Infectious Diseases,2016,22(11):1900-1907)。国内相关研究也证实，ST131系大肠杆菌对临床上常用的13种抗生素的耐药率比非ST131系大肠杆菌高(董敏,郑书发,余斐等.尿道致病性大肠埃希菌克隆株毒力和耐药性的研究[J].中华检验医学杂志,2014,37(7):531-534)。因此，实现对ST131系大肠杆菌的检测及监控对于预防和控制多耐药菌株的出现具有重要的公共卫生学意义。

目前，ST131系大肠杆菌的检测方法主要借助于Thierry Wirth教授创建的MLST分型法，该方法通过对大肠杆菌的7个管家基因(adk、fumC、gyrB、icd、mdh、purA、recA)进行扩增和测序分析，获得一个等位基因编号，从而证实ST131系大肠杆菌的存在(Wirth T,Falush D,Lan R,Colles F,et al.Sex and virulence in Escherichia coli:anevolutionary perspective[J].Mol.Microbiol,2006,60(5),1136-1151)。