[发明专利]一种用于双末端测序的反应体系、其组成的试剂盒和应用有效
申请号: | 201611245066.2 | 申请日: | 2016-12-29 |
公开(公告)号: | CN108265111B | 公开(公告)日: | 2022-01-18 |
发明(设计)人: | 王卉;杨晋;陈奥;徐崇钧;章文蔚 | 申请(专利权)人: | 深圳华大智造科技股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12Q1/6806;C12N15/10 |
代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 巩克栋;侯桂丽 |
地址: | 518083 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 末端 反应 体系 组成 试剂盒 应用 | ||
1.一种用于双末端测序的反应体系,其特征在于,所述反应体系包括1×Phi29buffer、dNTP、Phi29聚合酶和PCR增强剂;
所述PCR增强剂为甘油、DMSO、Triton X-100和海藻糖的组合,或甘油、DMSO、Triton X-100和甜菜碱的组合;
所述甘油按体积分数计占所述反应体系的30%;
所述DMSO按体积分数计占所述反应体系的7%;
所述Triton X-100按体积分数计占所述反应体系的0.8%;
所述甜菜碱的摩尔浓度为0.1-0.6M;
所述海藻糖的摩尔浓度为0.02-0.2M;
所述反应体系还包括CTAB;
所述CTAB的摩尔浓度为1-5mM。
2.根据权利要求1所述的用于双末端测序的反应体系,其特征在于,
所述甜菜碱的摩尔浓度为0.2-0.6M;
所述海藻糖的摩尔浓度为0.08-0.2M。
3.根据权利要求2所述的用于双末端测序的反应体系,其特征在于,
所述甜菜碱的摩尔浓度为0.5M;
所述海藻糖的摩尔浓度为0.1M;
所述CTAB的摩尔浓度为1mM。
4.一种用于双末端测序的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1-3中任一项所述的反应体系。
5.一种在双末端测序中生成互补链的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)将DNA纳米球装载到芯片上,使用包含测序引物的试剂进行DNA纳米球5’端测序;
(2)5’端测序完成后,使用切除试剂切除最后一个碱基所带的荧光和阻断基团,使用洗脱试剂进行洗涤;
(3)加入如权利要求1-3中任一项所述的反应体系,生成互补链。
6.如权利要求5所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述的测序引物的核苷酸序列如SEQID NO.1所示;
步骤(3)所述生成互补链具体包括以下步骤:
将所述反应体系混合均匀后加入芯片表面,在35-37℃下进行互补链生成,生成时间为30-40min;
所述反应体系包括:1×Phi29 buffer、摩尔浓度500mM dNTP、10U Phi29聚合酶、体积分数30%的甘油、体积分数7%的DMSO、体积分数0.8%的Triton X-100和摩尔浓度0.1-0.6M的甜菜碱,或1×Phi29 buffer、摩尔浓度500mM dNTP、10U Phi29聚合酶、体积分数30%的甘油、体积分数7%的DMSO、体积分数0.8%的Triton X-100和摩尔浓度0.02-0.2M的海藻糖。
7.如权利要求6所述的方法,其特征在于,
所述甜菜碱的摩尔浓度为0.2-0.6M;
所述海藻糖的摩尔浓度为0.04-0.15M。
8.如权利要求7所述的方法,其特征在于,
所述甜菜碱的摩尔浓度为0.5M;
所述海藻糖的摩尔浓度为0.1M。
9.一种双末端测序的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)实施如权利要求5-8中任一项所述的方法,生成互补链;
(2)加入阻断试剂进行末端阻断;
(3)再加入包含互补链测序引物的试剂,进行测序。
10.如权利要求9所述的方法,其特征在于,所述包含互补链测序引物的试剂为包含互补链测序引物与CTAB的混合物;
所述互补链测序引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述互补链测序引物的摩尔浓度为3-6μM;
所述CTAB的摩尔浓度为1-5mM。
11.如权利要求10所述的方法,其特征在于,
所述互补链测序引物的摩尔浓度为4μM;
所述CTAB的摩尔浓度为1mM。
12.如权利要求1-3中任一项所述的反应体系、如权利要求4所述的试剂盒、如权利要求5-8中任一项所述的在双末端测序中生成互补链的方法或如权利要求9-11中任一项所述的双末端测序的方法在高通量测序中的应用。
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