[发明专利]用于分析重复序列的mPCR方法

权利要求书

1.一种表征DNA样品中FMR基因座的方法，包括下列步骤：

a)使所述样品的第一部分与甲基化敏感性DNA酶接触；

b)将GC参照标准品添加至所述样品，其中所述参照标准品具有至少75％GC丰度；

c)将所述样品的所述第一部分和第二部分进行DNA扩增反应，所述第一部分和第二部分各自含有所述GC参照标准品，其中用不同标记物标记每个部分中扩增的DNA；并

d)分析来自所述样品的所述第一和所述第二部分的扩增的DNA，由此表征所述FMR基因座的甲基化状态。

2.权利要求1的方法，其中步骤(d)包括毛细管电泳(CE)。

3.权利要求2的方法，其中所述GC参照标准品缺乏所述甲基化敏感性DNA酶的识别位点。

4.权利要求2的方法，其中在单次CE运行中分析来自所述第一和所述第二部分的所述扩增的DNA。

5.权利要求2的方法，其中所述GC参照标准品具有与天然存在的FMR等位基因不重叠的CE迁移时间。

6.权利要求2的方法，其中所述GC参照标准品具有小于约20、约24至27、或大于约32个CGG重复的相对保留时间。

7.权利要求2的方法，其中所述GC参照标准品具有小于约3个CGG重复的相对保留时间。

8.权利要求2的方法，其中所述GC参照标准品具有约175至约225个CGG重复的相对保留时间。

9.权利要求1的方法，其中所述甲基化敏感性DNA酶选自Hpa II、Eag I、或Nru I。

10.权利要求1的方法，其中所述扩增反应能够扩增至少200个CGG重复。

11.权利要求10的方法，其中所述扩增反应包含具有大于1的GC/AT比率的dNTP混合物。

12.权利要求11的方法，其中所述GC/AT比率是约2.5至约10。

13.权利要求1的方法，其中所述FMR基因座是FMR1基因座。

14.权利要求1的方法，其中在使所述第一部分与所述DNA酶接触后将所述GC参照标准品添加至所述样品。

15.权利要求1的方法，其中在使所述第一部分与所述DNA酶接触前将所述GC参照标准品添加至所述样品。

16.权利要求1的方法，其进一步包括使所述样品的所述第二部分与对照酶接触。

17.权利要求16的方法，其中所述对照酶选自EcoRI和Sau3A1。

18.权利要求16的方法，其中在使所述第一部分与所述DNA酶接触前将所述GC参照标准品添加至所述样品，且所述对照酶选自HindIII-HF、EcoRI、DpnI、和NaeI。

19.权利要求1的方法，其进一步包括在使所述样品的所述第一部分与所述甲基化敏感性DNA酶接触前将消化对照添加至所述样品。

20.权利要求19的方法，其中所述消化对照具有小于约3个CGG重复的相对保留时间，所述GC参照标准品具有小于约3个CGG重复的相对保留时间，且所述消化对照扩增产物和所述参照标准品的相对保留时间相差约4个CGG重复或更多。

21.一种分析人DNA样品的方法，包括下列步骤：

a)使所述样品的第一部分与甲基化敏感性DNA酶接触；

b)将GC参照标准品添加至所述样品，其中所述参照标准品具有至少75％GC丰度；

c)将所述样品的所述第一部分和第二部分进行DNA扩增反应，其中用不同标记物标记每个部分中的扩增DNA；并

d)分析来自所述样品的所述第一和所述第二部分的扩增DNA，由此检测与脆性X综合征、脆性X关联震颤共济失调综合征、和/或脆性X关联原发性卵巢功能不全有关的基因型。