[发明专利]一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒及其应用

权利要求书

1.一种用于获取古代猪线粒体基因组全长序列的试剂盒，其特征在于，包括古代猪线粒体基因组序列的捕获探针，所述的捕获探针由生物素标记的核苷酸序列组成，核苷酸序列如SEQ ID NO：1-106所示。

2.一种靶向捕获古代猪线粒体基因组序列的新方法，包括以下步骤：

1)提取古代猪的基因组DNA；

2)构建古代猪的全基因组文库：

A.末端补平；

B.接头连接：将SOLiD接头1 5′-TGTAACATCACAGCATCACCGCCATCAGTCT-3′和接头2 5′-GACTGATGGCGCACTACGACACTACAATGT-3′与末端补平的DNA连接；

C.回收纯化含SOLiD接头的DNA；

D.采用切口平移法进行文库模板量的平衡线性扩增，正向引物：5′-TGTAACATCACAGCATCACCGCCATCAGTCT-3′和反向引物5′-GACTGATGGCGCACTACGACACTACAATGT-3′；

3)利用权利要求1所述的靶向捕获探针进行捕获测序：

A.液相杂交：取制备好的古代猪基因组文库，先加入鲑鱼精子DNA、人胎盘Cot-1 DNA进行封闭反应，然后与生物素化RNA探针杂交，磁珠分选和洗脱纯化；

B.捕获测序：取杂交捕获的DNA，进行PCR扩增反应，引物序列为：正向引物5'-CGCTCAGCGGCCGCAGCATCACCGCCATCAGT-3'和反向引物5'-CGCTCAGCGGCCGCGTCGTAGTGCGCCATCAGT-3'，纯化回收的DNA进行测序，对测序序列拼接，即得到线粒体基因组序列。

3.根据权利要求2所述的靶向捕获古代猪线粒体基因组序列的新方法，其特征在于，将古代猪遗留的牙齿或骨骼进行打磨，去除表面污染物后再提取基因组DNA。

4.权利要求1所述的试剂盒在获取古代猪线粒体基因组序列中的应用。