[发明专利]一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒及其应用，该试剂盒包括靶向猪线粒体基因组序列的捕获探针，所述的捕获探针由生物素标记的核苷酸序列组成，核苷酸序列如SEQ ID NO：1‑106所示，获取猪线粒体基因组序列的方法包括以下步骤：1）提取猪的基因组DNA；2）构建猪的全基因组文库；3）与捕获探针液相杂交、测序、序列拼接，即可获取猪线粒体基因组序列，该方法尤其适用于靶向捕获猪古DNA中线粒体基因组序列，其灵敏度高，特异性强，且稳定性好，与核酸文库结合捕获效率更高，覆盖度能达到99.99%，且检测成本低。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒，还涉及一种获取猪线粒体基因组序列的新方法，以及该捕获试剂盒在获取猪古DNA线粒体基因组序列中的应用。

背景技术

一般说来，人类历史上的农业革命主要包括栽培作物的产生和驯化动物的起源。系统性探索家畜的起源，对于了解家畜的发展史、揭示家畜对人类生活方式的影响至关重要。众所周知，家猪(Sus scrofa)缘自野猪的驯化。目前，野猪分布区域集中在：1)欧亚大陆的南部，即分布于欧洲、北非和亚洲中部天山山脉的欧洲野猪；2)亚洲，即分布于中国大陆、中国台湾、爪哇、苏门答腊和新几内亚的亚洲野猪(胡耀武和王昌燧，2004年，家猪起源的研究现状与思考)。相比之下，家猪的分布范围要大得多，几乎遍及全世界，其品种也千差万别、多种多样。家猪与野猪在形态和习性上的差别明显，这引发了我们的思考：性情凶猛的野猪是如何驯化为形态、习性迥然不同的家猪呢？家猪起源于何时、何地？系单一起源，抑或多个起源呢？诸如此类，皆为学术界长期关注的问题。多年来，国内外学者从不同角度，孜孜以求地探索家猪的起源与驯化，业已取得颇为丰硕的成果，然而，诸如驯化之初，鉴别家猪和野猪等关键问题，至今仍茫然无绪。

自考古学诞生以来，发掘成果日新月异、层出不穷，为探索家猪起源提供了颇为翔实的实物资料。猪的驯化是中国古代最伟大的创造发明之一。有报道指出，经过5年田野考察与研究，湖北省文物考古研究所罗运兵博士将中国家猪的起源时间，前推至距今9000年左右。其撰写的《中国古代猪类驯化、饲养与仪式性使用》一书，立足于猪骨遗存本身，运用动物考古学和考古学的理论与方法，并借助相关学科的手段和成果，侧重量化分析，对我国古代猪类遗存进行了多维视角的系统研究。

通过与考古学结合，借助分子生物学方法，为研究家猪起源开辟了另一重要途径。分子生物学理论指出，长期的进化道路上，生物的DNA既保持稳定遗传，又容忍偶然变异产生。显然，DNA的遗传稳定性，保证了亲代与子代之间的遗传连续性；而DNA的变异，又使得子代与亲代出现差异，导致了物种的进化。研究表明：突变导致的DNA中核苷酸序列的改变，与时间的累积成正比，即时间越长，DNA中核苷酸序列的改变越大。这种变化的速率是恒定的，两种生物分离的时间越长，其分子的差异则越大，这就是所谓的“分子钟”。这样，若探明现存物种DNA的核苷酸序列，便可望估计它们共同祖先的分离时间，即其物种的起源。由于动物体内的线粒体(Mitochondrial DNA,mtDNA)具有母系遗传、变异速率快、拷贝数目多的特点，故常将其作为研究物种系统进化的首选。