[发明专利]结合蛋白质组信息和基因组信息的高通量单细胞分析

说明书

在此披露了用于单细胞测序的方法。在一些实例中，这些方法包括将包含感兴趣的细胞的多个细胞的样品富集以产生富集的细胞样品；分离该富集的细胞样品中的一种或多种感兴趣的细胞；并且获得来自该一种或多种分离的细胞中每一种的一种或多种多核苷酸的序列信息。获得序列信息可以包括生成来自该一种或多种分离的细胞的分子索引的多核苷酸文库。富集该样品可以包括使用声聚焦聚集该样品中感兴趣的细胞。

相关申请

本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2015年2月19日提交的美国临时申请号62/118412的优先权。此相关申请的内容明确地通过引用以其整体结合在此。

背景技术

技术领域

本披露总体上涉及分子生物学的领域，并且更具体地涉及高通量单细胞分析。

相关技术的说明

用于流式细胞术的方法和技术适用于细胞分析，具体地是解密细胞表面蛋白质的表达谱以确定细胞的状态。用于mRNA测序的方法和技术适用于细胞分析，具体地是解密基因表达谱，以使用例如下一代测序(“NGS”)确定细胞的状态。当对感兴趣的细胞和不感兴趣的细胞两者的样品进行时，这些方法和技术确定这些细胞在这些样品中的平均状态。然而，细胞至细胞的变化可能存在于不同细胞中，因此这些方法和技术对于感兴趣的细胞具有差的信噪比。而且，细胞的基因表达谱可能不是细胞的蛋白质表达谱的准确代理。因此，需要改进的分离和测序单细胞(包括感兴趣的细胞)的低成本方法以及能够高效且有效地结合基因组信息和蛋白质组信息以进行细胞分析的方法。

概述

本披露提供了用于单细胞测序的方法。在一些实施例中，这些方法包括将包含感兴趣的细胞的多个细胞的样品富集以产生富集的细胞样品；分离富集的细胞样品中的一种或多种感兴趣的细胞；并且获得来自该一种或多种分离的细胞中每一种的一种或多种多核苷酸的序列信息，其中获得序列信息包括生成来自该一种或多种分离的细胞的分子索引的多核苷酸文库。在一些实施例中，这些方法包括将包含感兴趣的细胞的多个细胞的样品富集以产生富集的细胞样品，其中富集该样品包括使用声聚焦来聚集样品中感兴趣的细胞；分离富集的细胞样品中的一种或多种感兴趣的细胞；并且获得来自该一种或多种分离的细胞中每一种的一种或多种多核苷酸的序列信息。

在一些实施例中，富集该样品包括以下各项中的一种或多种：聚集样品中感兴趣的细胞和消除样品中不感兴趣的细胞。聚集感兴趣的细胞可以包括使用例如声聚焦将样品中感兴趣的细胞聚集到细胞核心流中。聚集样品中感兴趣的细胞可以包括基于细胞大小聚集样品中感兴趣的细胞。例如，聚集感兴趣的细胞包括聚集各自具有预定范围内的大小的细胞。在一些实施例中，消除样品中不感兴趣的细胞包括消除具有不属于预定范围内的大小的细胞。声聚焦可以包括：将样品中的多个细胞悬浮在细长流体填充通道中；并且将所述通道暴露于平行于流动方向的轴向声驻波场，其中所述轴向声驻波场将多个细胞沿着所述通道的中心轴驱动到潜在力最小值的位置，以产生均匀间隔的细胞。在一些实施例中，聚集感兴趣的细胞包括流体动力学聚焦、磁场聚焦、电场聚焦、重力场聚焦、光学场聚焦或其组合。在一些实施例中，该方法可以包括消除样品中的干扰细胞和碎片中的一种或多种。

在一些实施例中，从富集的细胞样品中分离一种或多种感兴趣的细胞包括使用流式细胞仪分选富集的细胞样品中的细胞。流式细胞仪可以利用荧光激活细胞分选。分离样品中的一种或多种感兴趣的细胞可以包括将样品中的一种或多种感兴趣的细胞沉积到一个或多个微量滴定板中。一个或多个微量滴定板中的每一个可以具有例如至少96个孔。