[发明专利]治疗癌症的方法

权利要求书

1.用于鉴定来自受试者的肿瘤中的躯干新抗原(truncal neo-antigen)的方法，其包括以下步骤：

i)确定从所述肿瘤分离的样品中存在的突变；并且

ii)鉴定躯干突变，其是基本上所有肿瘤细胞中存在的突变；并且

iii)鉴定躯干新抗原，其是由包含所述躯干突变的序列编码的抗原。

2.用于鉴定来自受试者的肿瘤中的躯干新抗原的方法，其包括以下步骤：

i)确定存在于从所述肿瘤分离的多个样品中的突变；并且

ii)鉴定躯干突变，其是所有样品中存在的突变；并且

iii)鉴定躯干新抗原，其是由包含所述躯干突变的序列编码的抗原。

3.根据权利要求1或2的方法，其中所述躯干突变是单核苷酸变体。

4.根据前述权利要求中任一项的方法，其中通过外显子组(Exome)测序、RNA-seq、全基因组测序和/或靶向基因分组测序(targeted gene panel sequencing)鉴定突变。

5.根据前述权利要求中任一项的方法，其包括评估所述受试者的HLA等位基因谱以确定躯干新抗原肽是否将与所述受试者的MHC分子结合的步骤。

6.用于鉴定躯干新抗原特异性T细胞的方法，其包括根据前述权利要求中任一项所述的方法的步骤以及以下步骤：

iv)将来自从受试者分离的样品中且能够特异性识别所述躯干新抗原的T细胞鉴定为躯干新抗原特异性T细胞。

7.用于提供靶向肿瘤中的躯干新抗原的T细胞群的方法，其包括以下步骤：

i)鉴定来自从受试者分离的样品中且能够特异性识别躯干新抗原肽的T细胞；并且

ii)扩增所述T细胞以提供靶向所述躯干新抗原的T细胞群。

8.根据权利要求7的方法，其中在步骤ii)中，使用躯干新抗原或躯干新抗原肽选择性扩增所述T细胞。

9.根据权利要求8的方法，其中使用多个躯干新抗原或躯干新抗原肽选择性扩增所述T细胞，其中每个所述肽包含不同的躯干突变。

10.根据权利要求9的方法，其中所述多个肽包含2-100个肽。

11.提供靶向肿瘤中的躯干新抗原的T细胞群的方法，其包括以下步骤：

(a)通过包括以下步骤的方法鉴定来自受试者的肿瘤中的躯干新抗原：

i)确定从所述肿瘤分离的样品中存在的突变；并且

ii)鉴定躯干突变，其是基本上所有肿瘤细胞中存在的突变；并且

iii)鉴定躯干新抗原，其是由包含所述躯干突变的序列编码的抗原；

或

i)确定存在于从肿瘤分离的多个样品中的突变；

ii)鉴定躯干突变，其是所有样品中存在的突变；

iii)鉴定躯干新抗原，其是由包含所述躯干突变的序列编码的抗原；并且

b)鉴定来自从受试者分离的样品中且能够特异性识别所述躯干新抗原的T细胞；并且

c)扩增所述T细胞以提供靶向所述躯干新抗原的T细胞群。

12.用于提供靶向肿瘤中的躯干新抗原的T细胞群的方法，其包括以下步骤：

i)鉴定来自从受试者分离的样品中且能够特异性识别所述躯干新抗原的T细胞；并且

ii)扩增所述T细胞以提供靶向所述躯干新抗原的T细胞群，其中所述T细胞通过与抗原呈递细胞共培养来扩增，所述抗原呈递细胞呈递衍生自所述躯干新抗原的躯干新抗原肽。

13.根据权利要求12的方法，其中所述抗原呈递细胞已经用衍生自所述躯干新抗原的肽装载或脉冲。

14.根据权利要求12或权利要求13的方法，其中通过根据权利要求6的方法鉴定能够特异性识别躯干新抗原肽的所述T细胞。

15.根据权利要求6-14中任一项的方法，其中所述样品是来自所述受试者的肿瘤、血液或组织样品。

16.根据权利要求7的方法，其中通过权利要求1-5中任一项所述的方法鉴定所述躯干新抗原。

17.根据权利要求7-14中任一项所述的方法，其中所述T细胞群包含CD8+T细胞、CD4+T细胞或CD8+和CD4T+细胞。