[发明专利]用于鉴定病毒性出血败血症病毒的区域特异性基因型的探针及其用途

说明书

技术领域

本发明涉及用于鉴定作为鱼病原病毒的病毒性出血败血症病毒(VHSV)的地理起源的探针以及使用该探针来鉴定VHSV的地理起源的方法，更具体地，涉及以简单、快速和准确的方式鉴定VHSV的地理起源的方法，其中，对含有VHSV G蛋白的C755A和A756G单核苷酸多态性(SNP)的DNA(根据VHSV的地理起源而出现的基因型)具有高结合亲和力的PNA用于根据基因型显示不同的熔解温度。

背景技术

病毒性出血败血症病毒(VHSV)已知为感染淡水鲑鱼类(包括虹鳟(Oncorhynchus mykiss))的病原体，从而引起严重的病毒性疾病。与其它鱼类病毒(传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)和牙鲆弹状病病毒(HIRRV))一起，VHSV是属于弹状病毒科家族弹状病毒属的约11000bp的负链RNA病毒，其包含6个基因，即按照3’-N-P-M-G-NV-L-5’顺序的核衣壳蛋白(N)，磷蛋白(P)，基质蛋白(M)，糖蛋白(G)，非病毒颗粒蛋白(NV)和聚合酶(L)(Schutze等，1999；van Regenmortel等，2000；Trdo等，2005)。

由于VHSV在1963年首次从丹麦的虹鳟(Oncorhynchus mykiss)中分离出来(Jensen，1965；Wolf，1988)，它已经从大西洋和北海的大西洋鳕鱼(Gadus morhua)(Jensen等，1979)，大菱鲆(Scophthalmus maximus)(Schlotfeldt等，1991)，大西洋鲱鱼(Clupea harengus)(Dixon等，1997)，牙鳕(Merlangius merlangus)(Mortensen等，1999)等中分离出来。VHSV已知为在淡水和海水鱼类中引起疾病的病原体。VHSV不仅在欧洲地区，而且在20世纪80年代后期从北美洲西部海岸的海水鱼类和溯河产卵的鲑鱼中分离出来，表明病毒在海洋环境中广泛分布(Hopper，1989；Meyers和Winton，1995)。

在东亚地区，VHSV首先在日本若狭湾的野生牙鲆(Paralichthys olivaceus)中检测到(Takano等，2000)，之后还报道了VHSV对培养的牙鲆(Paralichthys olivaceus)的损害(Isshiki等，2001)。在韩国，培养的牙鲆(Paralichthys olivaceus)中的弹状病毒疾病在相似的时间流行。检测了引起弹状病毒疾病的病毒，结果发现该病毒具有与从北美地区和日本分离的VHSV相同的基因型(Kim等，2003)。从那时起，VHSV已经从各种海水鱼类和淡水鱼类中分离出来，据报道VHSV是一种每年导致培养的牙鲆(Paralichthys olivaceus)死亡的病原体(Kim等，2004；Kim等，2009；Cho等，2012)。

目前，VHSV被世界动物卫生组织(OIE)的“水生动物卫生法典”列为法定传染病(OIE，2013)。在韩国，VHSV是水生生物疾病防治法第2条所述的传染性水生生物疾病，包括在经历预防措施的疾病中，当检测到VHSV传染和疾病爆发时，限制运动和消毒措施是必要的。近年来，由于各种水生生物疾病的爆发和消费者对食品安全的需求增加，全球范围内水生动物疾病控制、监督和监测的重要性日益增加。此外，不仅国家监督和控制措施，以及区域和区划水生生物疾病的监督和监测结果的分析，都在提供水生生物疾病和疾病控制的流行病学调查所需的有用数据中发挥非常重要的作用，而且在相应国家展示没有特定疾病的区域(FAO，2004年)中也发挥非常重要的作用。因此，与从其它国家分离的VHSV分离株的序列比较继续研究韩国VHSV分离株的序列突变以及继续监测VHSV变得更加重要。