[发明专利]用于确定生物分子的尺寸的方法

说明书

本发明涉及一种用于使用已知尺寸的标记分子由电场确定介质中分离的生物分子的尺寸的方法，其包括：(101)检测多个带，并且基于分离标准形成检测的标记序列和检测的未知序列，(102)确定每个检测的带的带性质，(103)将检测的标记序列的检测的带的带性质与形成已知标记序列的多个标记分子的已知带性质相比较，并且将得分指定给每个比较，所述得分基于带之间的相对距离、相对强度、预期距离和预期强度中的至少一种，(104)选择具有最高得分的比较，并且根据所述比较使检测的标记序列的检测的带的全部或子集与已知标记序列的所述多个标记分子相关联，以确定检测的标记序列的全部或子集的尺寸，以及(105)将检测的标记序列的带与检测的未知序列的带相比较，以基于标记分子的已知尺寸来确定检测的未知序列的每个识别的带的生物分子的尺寸。本发明还涉及构造成执行该方法的软件和用于储存所述软件的计算机可读介质。

技术领域

本发明涉及一种用于使用已知尺寸的标记分子由电场确定介质中分离的生物分子的尺寸的方法。

背景技术

在许多技术领域中，重要的是正确地识别包含在样本中的生物分子。这可通过针对各种分离介质中的不同类别的生物分子的许多不同的分离和检测方法来执行。

一种已知的方式是通过电泳(用于分析样本中的蛋白质含量的常用技术)。

电泳是基于电场中的带电分子的移动性的分离技术。其主要用于大分子如蛋白质或核酸的分析和提纯。电泳通常通过将包含感兴趣的分子的样本加载到电压接着施加于其的多孔基质中的井中来执行。样本中的不同尺寸、形状和电荷的分子以不同速度移动穿过基质。在分离结束时，分子检测为基质中的不同位置处的带。基质可由许多不同材料(包括纸、醋酸纤维素，或由聚丙烯酰胺、琼脂糖或淀粉制成的凝胶)构成。在聚丙烯酰胺和琼脂糖凝胶中，基质还可在分离中用作尺寸选择筛。

因此，不同蛋白质在电场施加时取决于尺寸和电荷在凝胶中以不同速度迁移。两个或更多个样本可在相同的凝胶中分离。通过在单独泳道中分离或通过不同标记来将样本与彼此区分开。能够将尺寸指定给分离的蛋白质成分经常是基本的。这可通过将已知尺寸的专用尺寸标记蛋白质加载在凝胶中的相同或单独的泳道中来完成。在电泳分离发生之后，这些尺寸标记蛋白质的位置产生了尺寸范围，通过其，可使用通过指定尺寸校准曲线的校准程序来给未知尺寸的蛋白质指定尺寸。标记蛋白质沿分离方向的凝胶中的位置绘制为随已知尺寸变化，并且拟合这些数据点引起的校准曲线接着用于校准未知尺寸的蛋白质的尺寸。关于电泳领域的大体背景的另外的信息可在同一申请人的WO2013180642、US2003221963或WO2015079048中找到。

电泳的一个常见问题在于，凝胶中的污染可对于基准分子中的一些被误解，导致基准分子的错误识别，并且妨碍了这些生物分子与未知生物分子之间的准确尺寸比较。大体上，需要操作者评估结果并且除去错误数据来改进识别和尺寸评估。

相似的技术由US5273632、WO2005/015199和US4720786公开。

因此，需要的是用于正确地识别未知生物分子的改进方法。

发明内容

本发明的目的在于消除或至少最小化以上所述的问题。这通过根据所附独立权利要求的方法来实现，通过以下提供了用于识别未知生物分子的改进方法，

检测多个带，并且基于分离标准形成检测的标记序列和检测的未知序列，

确定每个检测的带的带性质，

将检测的标记序列的检测的带的带性质与形成已知标记序列的多个标记分子的已知带性质相比较，并且将得分指定给每个比较，所述得分基于带之间的相对距离、相对强度、预期距离和预期强度中的至少一种，

选择具有最高得分的比较，并且根据所述比较使检测的标记序列的检测的带的全部或子集与已知标记序列的所述多个标记分子相关联，以确定检测的标记序列的全部或子集的尺寸，以及