[发明专利]用于检测病毒的改善的组合物和方法

说明书

已经在MERS‑CoV和其它人类病源性冠状病毒中鉴定出高度保守的、短的、非翻译前导序列，其为这些病毒的高度灵敏且准确的试验提供了基础。显示锁核酸的使用在针对这些短序列的扩增反应中是有用的。显示使用锁核酸的RT‑PCR提供了以每个反应10拷贝或更少存在的多种人类病原体冠状病毒的准确检测。

本申请要求于2015年5月7日提交的美国临时申请号No.62/158,490的权益，其特此通过引用以其全部内容并入。

技术领域

本发明领域是病毒——优选地RNA病毒和特别地冠状病毒和流感病毒——的检测。

背景技术

背景描述包括可以用于理解典型发明的信息。不承认本文提供的任何信息是现有技术或与本申请要求保护的发明相关，或任何具体地或暗示地被引用的任何出版物是现有技术。

纵观历史，病毒(如冠状病毒，或CoVs)已经不断地跨越物种障碍，并且一些已经作为重要的人类病原体出现(Lau et al，J Virol 85：11325-11337，2011)。他们对公共健康的临床意义和临床影响被最近的流行病——在2003年的SARS和自从2012年以来的MERS——最好地例证(Cheng et al，Clin Microbiol Rev 20：660-694，2007；Chan et al，Clin Microbiol Rev 28：465-522，2015)。本文中所有出版物通过引用被并入，其程度如同每个独立出版物或专利申请具体地并独立地表明通过引用被并入的程度相同。在并入的文献中术语的定义和使用与本文提供的术语定义不一致或相反的情况下，应用本文提供的术语的定义而不应用文献中该术语的定义。高灵敏的和特定的实验室诊断性测试对于病例鉴定、接触追踪、动物源查找、和对于新型病毒爆发控制的感染控制措施的合理化是必需的。

在细胞培养中病毒的分离是实验室诊断的金标准。遗憾的是一些重要的新兴病原体，包括CoVs，难以在细胞系中培养。此外，许多病毒的培养还需要使用生物安全3级的设备，其在大多数的临床实验室中不是常规可用的(Chan et al，J Infect Dis 207：1743-1752，2013)。如进化的MERS流行病所举例说明的，通过实时RT-PCR的分子诊断已变成用于建立实验室诊断CoV传染的选择方法并在大多数临床微生物学实验室中是广泛可用的(Corman et al，Euro Surveill 17.pii：20285，2012；Corman et al，Euro Surveill17.pii：20334，2012)。普遍接受的是在CoV基因组中高度丰富的基因靶(target)是有用的RT-PCR靶。通过先前建立的RT-PCR试验，很好地举例说明了该原则，所述RT-PCR试验靶向以丰富表达的CoVs的N基因，所述N基因位于该基因组的3’末端(Cheng et al，ClinMicrobiol Rev 20：660-694，2007；Chan et al，Clin Microbiol Rev 28：465-522，2015)。

已知六种冠状病毒(CoVs)引起人类感染(Chan et al，J Infect 65：477-489，2012；Chan et al，J Formos Med Assoc 112：372-381，2013)。人CoV(HCoV)-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63、和HCoV-HKU1主要引起轻度上呼吸道感染，而严重急性呼吸综合征CoV(SARS-CoV)和新型的中东呼吸综合征CoV(MERS-CoV)频繁地引起带有肺外表现的重症肺炎。然而，众所周知的是，大多数的CoVs在细胞系中难以培养(5)。对于在大范围细胞系中迅速复制的MERS-CoV以及在选择的细胞系中生长的SARS-CoV，生物安全3级设备的要求限制了细胞培养的实际应用(Chan et al，J Infect Dis 207：1743-1752，2013)。