[发明专利]成纤维细胞生长因子受体2（FGFR2）蛋白质的SRM/MRM测定

说明书

本申请要求于2015年5月14日提交的临时申请No.62/161,757的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

背景技术

人们使用一批杀伤正在生长和分裂的细胞并以多种方式发挥功能的治疗剂来治疗癌症。常见的化疗剂集合已被单独或联合使用了数十年，且该常见的试剂集合已成为临床肿瘤学实践中传统且常规的癌症治疗手段。这些传统的化疗剂通过杀伤所有快速分裂的细胞来发挥作用，大多数癌细胞的主要特性之一。然而，这些试剂也杀伤正在生长的正常细胞，因此这些试剂不被视作杀伤癌细胞的“靶向”方法。近年来，已开发出大量仅靶向癌细胞的癌症治疗剂，其中这些治疗剂特异性攻击仅由癌细胞表达而正常细胞不表达的蛋白质。这种方式被视癌症治疗的“靶向”方法。最近，以“靶向”方式杀伤癌细胞的另一种方法是特异性调控免疫系统以增强癌症患者的免疫系统杀伤癌细胞的能力。

靶向成纤维细胞生长因子受体2蛋白质的治疗剂，也称为FGFR2，在早期临床试验中已显示出前景。然而，只有这些患者(即患者的癌细胞表达大量的FGFR2蛋白质)才可能受益于采用这些FGFR2靶向治疗剂进行的治疗。由于FGFR2在正常的组织和/或正常的上皮细胞中不能正常表达，下文所述的方法提供了基于定量蛋白质组学的测定，该测定提供了FGFR2信号途径活化的相关测量。具体而言，所述方法提供了质谱分析法，其量化来自癌症患者的福尔马林固定组织中的FGFR2，并能够改善用于癌症治疗的治疗决策。

提供了从成纤维细胞生长因子受体2蛋白质的序列衍生的特定肽，也称为CD332、角质形成细胞生长因子受体、和KGFR，并且在本文中称为FGFR2。针对每种肽的肽序列和片段/过渡离子在基于质谱的选择反应监测(SRM)中特别有用，其也可称为多反应监测(MRM)测定，并且在本文中称为SRM/MRM。描述了使用肽进行FGFR2蛋白质的SRM/MRM定量分析。

所述SRM/MRM测定可用于测量来自FGFR2蛋白质的一种或多种特定肽的相对或绝对定量水平，并因此提供用于测量从生物样品获得的给定蛋白质制剂中的FGFR2蛋白质含量的质谱方法。

更具体地，SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的那些肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。美国专利号7,473,532中描述的方法可使用获自表达病理学公司(Expression Pathology Inc.)(马里兰州罗克维尔)的Liquid Tissue试剂和方案方便地进行。

来自癌症患者组织的最广泛且可方便获得的组织形式为福尔马林固定的石蜡包埋的组织。手术切除的组织的甲醛/福尔马林固定是迄今为止在全世界保存癌症组织样品的最常见方法，并且是用于标准病理学实践的公认惯例。甲醛水溶液被称为福尔马林。11100％11福尔马林由甲醛在水中的饱和溶液(约40体积％或37重量％)组成，其含有少量用于限制氧化和聚合程度的稳定剂，通常为甲醇。保藏组织的最常用方式是将整个组织在通常称为10％中性缓冲福尔马林的甲醛水溶液中长时间(8小时至48小时)浸泡，接着在室温下将固定的整个组织包埋在石蜡中以便长期储存。因此，分析福尔马林固定的癌症组织的分子分析方法将是用于分析癌症患者组织的最被接受且大量利用的方法。

SRM/MRM测定的结果可用于关联自其中收集并保藏组织(生物样品)的患者或受试者的具体组织样品(例如癌症组织样品)内的FGFR2蛋白质的准确且精确的定量水平。这不仅提供关于癌症的诊断和预后信息，而且容许医师或其它医疗专业人员来更加准确地确定用于患者的适当疗法。提供关于在患病组织中或在其他患者样品中蛋白质表达水平的诊断、预后和治疗重要信息的这一测定称为伴随诊断测定。例如，这一测定可设计用于诊断癌症的阶段或程度，并确定患者最可能应答的治疗剂。

发明内容

本发明所述的测量来自FGFR2蛋白质的特定未修饰的肽的相对或绝对水平并且可测量来自FGFR2蛋白质的特定修饰的肽的绝对或相对水平。修饰的示例包括可能在这些肽上存在的磷酸化氨基酸残基和糖基化氨基酸残基。