[发明专利]新生抗原分析

权利要求书

1.一种用于优先化对于患者的候选新生抗原的方法，所述方法包括以下步骤：

获得多个候选新生抗原；

确定所述多个候选新生抗原的成员的自相似性；

确定所述多个候选新生抗原的成员与已知抗原的相似性；

确定所述多个候选新生抗原的成员的表达水平；

鉴定对所述多个候选新生抗原的成员编码的外显子中的突变体等位基因频率；及将规则应用于所述确定步骤和鉴定步骤的结果，以根据临床显著性的可能性对所述多个候选新生抗原的成员进行排序。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法进一步包括准备包含经排序的所述多个候选新生抗原的成员的报告。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述多个候选新生抗原衍生自患者肿瘤样本。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述多个候选新生抗原是通过确定从肿瘤样本获得的候选肽的HLA基因型和MHC结合亲和力来获得。

5.如权利要求4所述的方法，其中候选肽的所述HLA基因型和所述MHC结合亲和力是从肽序列数据经由电脑分析来确定。

6.如权利要求4所述的方法，其中候选肽的所述HLA基因型和所述MHC结合亲和力是通过测定来确定。

7.如权利要求4所述的方法，其中所述候选肽是通过将来自所述肿瘤样本的肽与来自正常样本的相应的肽进行比较而获得，其中候选肽相对于所述相应的肽包含一突变。

8.如权利要求4所述的方法，其中所述应用步骤包括从所述多个候选新生抗原中排除具有大于1000nM的MHC结合亲和力的候选新生抗原。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述应用步骤包括从所述多个候选新生抗原中排除具有大于750nM的MHC结合亲和力的候选新生抗原。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述应用步骤包括从所述多个候选新生抗原中排除具有大于500nM的MHC结合亲和力的候选新生抗原。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述多个候选新生抗原各自被编配为强结合(SB)或弱结合(WB)的MHC分类，并且所述应用步骤包括对所述多个新生抗原进行排序，使得SB候选新生抗原排序高于WB候选新生抗原。

12.如权利要求1所述的方法，所述方法进一步包括：

确定所述多个新生抗原的成员的抗原肽加工分类。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述多个新生抗原被编配为表位(E)或非抗原(NA)的分类，并且所述应用步骤包括对所述多个新生抗原进行排序，使得E候选新生抗原排序高于NA候选新生抗原。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述应用步骤包括对所述多个新生抗原进行排序，使得具有较低自相似性的候选新生抗原排序高于具有较高自相似性的新生抗原。

15.如权利要求1所述的方法，其中所述表达水平包含RNAseq表达值，并且所述应用步骤包括从所述多个候选新生抗原中排除具有表达值低于10个读数/千碱基/百万映射读数(RPKM)的候选新生抗原。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述应用步骤包括从所述多个候选新生抗原中排除具有表达值低于25个读数/千碱基/百万映射读数(RPKM)的候选新生抗原。

17.如权利要求1所述的方法，其中所述应用步骤包括基于与已知抗原的部分的100％的氨基酸同一性对所述多个新生抗原进行排序，使得与已知抗原的较长部分具有氨基酸同一性的候选新生抗原排序高于与已知抗原的较短部分具有氨基酸同一性的候选新生抗原。