[发明专利]用于核酸文库标准化的方法和组合物

说明书

本披露提供了用于标准化核酸文库例如测序文库的方法、组合物和试剂盒。

相关申请的交叉引用

本申请是基于2015年9月11日提交的美国临时专利申请序列号62/217,220并且根据35U.S.C.§119(e)要求其权益。出于所有目的，将所述相关申请的内容以其全文通过引用并入本文。

背景技术

在许多应用(特别是测序和文库筛选)中，研究人员想要评估样品或文库中的整个核酸目录。然而，样品(例如cDNA文库)中的核酸常处于范围几个数量级的宽范围浓度内。这大大增加了全面评估样品所需的测序或筛选量。为了克服这一点，研究人员常想用标准化文库来工作，其中不同核酸的浓度都处于相似的浓度，这样以来需要更少的多余努力来探询新的分子。

发明内容

本文披露的一些实施例提供了从多个核酸分子中除去高丰度种类的方法，所述方法包括：使包括结合部分的多个第一寡核苷酸与第一多个核酸分子杂交，其中所述第一多个核酸分子包括至少一个高丰度种类；延伸所述多个第一寡核苷酸以产生包括所述结合部分的所述第一多个核酸分子的多条互补链；使包括所述第一多个核酸分子的所述多条互补链的多个双链核酸分子变性；使所述第一多个核酸分子的所述多条互补链部分再退火；并且通过固定在一个或多个固体支持物上的捕获分子除去所述第一多个核酸分子的所述再退火互补链以产生第二多个核酸分子，其中所述捕获分子与所述结合部分特异性结合，凭此与所述第一多个核酸分子中的所述至少一个高丰度种类的含量相比，所述第二多个核酸分子中的所述至少一个高丰度种类的含量减少。

在一些实施例中，所述结合部分是选自下组的官能团，该组由以下各项组成：生物素、链霉亲和素、肝素、适体、点击化学部分、地高辛、一个或多个伯胺、一个或多个羧基、一个或多个羟基、一个或多个醛、一个或多个酮和其任何组合。在一些实施例中，所述结合部分是生物素。在一些实施例中，所述捕获分子是链霉亲和素。在一些实施例中，所述方法还包括合成所述第一多个核酸分子的所述多条互补链中的至少一个的第二链以产生所述多个双链核酸分子中的一个或多个，所述多个双链核酸分子包括所述第一多个核酸分子的所述多条互补链。在一些实施例中，所述合成包括使多个第二寡核苷酸与所述第一多个核酸分子的所述多条互补链杂交并延伸所述多个第二寡核苷酸。在一些实施例中，所述多个第一寡核苷酸或所述多个第二寡核苷酸包括通用引物结合位点。在一些实施例中，所述方法还包括扩增所述多个双链核酸分子。在一些实施例中，所述第一多个核酸分子包括多个高丰度种类。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类代表所述第一多个核酸分子的至少50％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类代表所述第一多个核酸分子的至少60％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类代表所述第一多个核酸分子的至少70％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类的含量的减少是至少80％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类的含量的减少是至少90％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类的含量的减少是至少95％。在一些实施例中，所述至少一个高丰度种类的含量的减少是至少99％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子包括所述多个高丰度种类。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个高丰度种类代表所述第二多个核酸分子的少于50％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个高丰度种类代表所述第二多个核酸分子的少于40％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个高丰度种类代表所述第二多个核酸分子的少于30％。在一些实施例中，所述第一多个核酸分子包括多个低丰度种类。在一些实施例中，所述多个低丰度种类代表所述第一多个核酸分子的少于10％。在一些实施例中，所述多个低丰度种类代表所述第一多个核酸分子的少于5％。在一些实施例中，所述多个低丰度种类代表所述第一多个核酸分子的少于1％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子包括所述多个低丰度种类。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个低丰度种类代表所述第二多个核酸分子的至少5％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个低丰度种类代表所述第二多个核酸分子的至少10％。在一些实施例中，所述第二多个核酸分子中的所述多个低丰度种类代表所述第二多个核酸分子的至少20％。在一些实施例中，所述第一多个核酸分子中的每个或所述第二多个核酸分子中的每个包括随机条形码。在一些实施例中，所述方法还包括对所述第二多个核酸分子进行测序以生成多个测序读数。在一些实施例中，所述多个高丰度种类的测序读数小于全部测序读数的50％。在一些实施例中，所述多个高丰度种类的测序读数小于全部测序读数的40％。在一些实施例中，所述多个高丰度种类的测序读数小于全部测序读数的30％。在一些实施例中，所述多个低丰度种类的测序读数为总测序读数的至少5％。在一些实施例中，所述多个低丰度种类的测序读数为总测序读数的至少10％。在一些实施例中，所述多个低丰度种类的测序读数为总测序读数的至少20％。在一些实施例中，所述方法还包括在部分再退火步骤中添加多种阻滞剂。在一些实施例中，所述多种阻滞剂与所述第一寡核苷酸的通用引物结合位点或所述第二寡核苷酸的通用引物结合位点杂交。在一些实施例中，所述多种阻滞剂阻止所述第一寡核苷酸的通用引物结合位点或所述第二寡核苷酸的通用引物结合位点与其互补序列之间的杂交。