[发明专利]祖先病毒序列及其用途

说明书

描述了用于预测病毒或其部分的祖先序列的方法。还描述了腺伴随病毒(AAV)壳体多肽的经预测的祖先序列。本公开还提供了基因转移的方法和对受试者接种疫苗的方法，其通过施用可操作连接于AAV壳体多肽的靶抗原进行。

发明领域

一般而言，本公开涉及病毒。

发明背景

规避和避免针对基因治疗载体的中和性或毒性免疫应答是所有基因转移载体类型面临的重大挑战。迄今为止的基因转移使用基于在人类和动物中循环的病毒的载体(例如腺病毒和腺伴随病毒(AAV))而得以最有效地实现。然而，如果受试者已经天然感染了病毒，那么由于细胞和体液免疫应答，用基于该病毒的载体的后续治疗导致基因转移的增加的安全风险和降低的效率。壳体抗原主要负责针对病毒颗粒的天然免疫和/或适应性免疫，然而，病毒基因编码的多肽也可以具有免疫原性。

发明概述

本公开描述了预测和合成祖先病毒(ancestral viral)序列或其部分的方法，并且还描述了含有此类祖先病毒序列的病毒颗粒。将本文中描述的方法应用到腺伴随病毒(AAV)；因此，本公开描述了预测的祖先AAV序列和含有此种祖先AAV序列的AAV病毒颗粒。本公开还描述了相对于含有当代序列的病毒颗粒，由含有祖先序列的病毒颗粒展现的血清阳性率(seroprevalance)。

一方面，提供了腺伴随病毒(AAV)壳体多肽，其具有SEQ ID NO：42所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，此种AAV壳体多肽或包含此种AAV壳体多肽的病毒颗粒比AAV9壳体多肽或包含AAV9壳体多肽的病毒颗粒展现出大致相同或更低的血清阳性率。在一些实施方案中，此种AAV壳体多肽或包含所述AAV壳体多肽的病毒颗粒与AAV9壳体多肽或包含AAV9壳体多肽的病毒颗粒相比在相似或更小程度上被人血清中和。在一些实施方案中，此种 AAV壳体多肽是纯化的。在一些实施方案中，此种AAV壳体多肽由SEQ ID NO：43中所示的核酸序列编码。

还提供了包含此种AAV壳体多肽的纯化的病毒颗粒。在一些实施方案中，此种纯化的病毒颗粒进一步包含转基因。

另一方面，提供了编码腺伴随病毒(AAV)壳体多肽的核酸分子，其具有在SEQ IDNO：43中所示的核酸序列。在一些实施方案中，提供了包含此种核酸分子的载体。在一些实施方案中，提供包含此种载体的宿主细胞。

另一方面，提供了用转基因进行基因转移和/或疫苗接种的方法。此种方法通常包括将本文所述的病毒颗粒施用于需要基因转移或疫苗接种的受试者，其中所述病毒颗粒比AAV9病毒颗粒展现出大致相同或更低的血清阳性率。在一些实施方案中，此种病毒颗粒与AAV9病毒颗粒相比在相似或更小程度上被人血清中和。

另一方面，提供了对受试者接种疫苗的方法。此种方法通常包括将如本文所述的可操作连接于AAV壳体多肽的靶抗原施用于需要疫苗接种的受试者，其中所述AAV壳体多肽与AAV9壳体多肽相比展现出大致相同或更低的血清阳性率。在一些实施方案中，此种AAV壳体多肽与AAV9壳体多肽相比在相同或更小程度上被人血清中和。

因此，本公开提供了祖先病毒或其部分，其相比于当代病毒或其部分展现出降低的对当代人群中预先存在的免疫的易感性。通常，由祖先病毒或其部分在当前人群中展现的降低的对预先存在的免疫的易感性反映为降低的对中和性抗体的易感性。

除非另外定义，本文中使用的所有技术和科学术语与方法和物质组合物所属领域的普通技术人员的通常理解具有相同的含义。虽然与本文描述的方法和材料相似或等同的方法和材料可以用于方法和物质组合物的实践或测试中，但是以下描述了合适的方法和材料。此外，材料，方法和实例仅是说明性的，并不意在进行限制。将本文中提及的所有出版物、专利申请、专利和其它参考文献以其整体并入本文作为参考。

附图简述

本专利或申请文件包含以彩色制作的至少一幅附图。通过请求并支付必要的费用由当局提供具有彩色附图的本专利或专利申请公开文本的副本。