[发明专利]单核苷酸多态性和插入缺失的多等位基因基因分型

权利要求书

1.一种基因组分析的方法，所述方法包含：

获取一个或多个样品中一种或多种多等位基因标记的信号，所述一种或多种多等位基因标记包含三个或更多个可能的等位基因；

针对每种多等位基因标记，簇聚来自所述一个或多个样品的多个等位基因对中的每一对等位基因的信号，产生代表每个等位基因对的簇；

针对代表纯合等位基因对的每个纯合簇，收集替代等位基因的信号用于计算所述替代等位基因的背景信号，产生各自代表对应的等位基因的多个背景信号；

基于所述信号和所述背景信号，针对每个等位基因对分配每个样品的初始基因型判读；

使用所述初始基因型判读和先验簇参数计算每个簇的多变量正态分布；

针对每个簇的每个多变量正态分布，计算每个样品的成员资格的对数似然；

基于所述成员资格对数似然，针对每个样品，计算每个簇中的成员资格的概率；和

基于所述成员资格概率，对每个样品分配最终基因型判读。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种多等位基因标记包含单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种多等位基因标记所获取的所述信号包含所述一个或多个样品中的每个等位基因的等位基因强度数据。

4.根据权利要求1所述的方法，其中簇聚所述信号进一步包含使用具有定义的单核苷酸多态性(SNP)和定义的算法参数的算法。

5.根据权利要求1所述的方法，其中分配所述初始基因型判读进一步包含：

针对每个等位基因对，鉴别其信号不高于任何替代等位基因中的所述背景信号的样品的子集；

针对每个等位基因对，确定所述样品子集中的样品数高于预定义最小值；和

针对每个等位基因对，针对所述等位基因对中代表的两个等位基因对所述样品子集中的每个样品进行基因分型。

6.根据权利要求1所述的方法，其中分配每个样品的所述初始基因型判读进一步包含：

比较每个样品的判读以便选择每个样品中最常出现的判读，其中如果所述判读之中存在相持，那么对所述样品分配“无判读”值。

7.根据权利要求1所述的方法，其中每个簇的所述多变量正态分布在对数信号空间中计算。

8.根据权利要求1所述的方法，其中计算每个样品的所述成员资格对数似然使用下式计算：

其中|∑|是协方差的行列式；

其中x是含有样品的探针集的所述信号的k维列向量；

其中k是探针集的信号数。

9.根据权利要求1所述的方法，其中分配所述最终基因型判读进一步包含：

分配每个样品到所述样品具有最高成员资格概率的特定簇，产生每个样品的簇分配；和

基于每个样品的所述簇分配，分配所述最终基因型判读。

10.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含：

计算每个样品的置信度值，其中所述置信度值包含任何其它簇中的所述样品的成员资格概率；

比较每个样品的所述置信度值与预定义阈值；和

对具有高于所述预定义阈值的置信度值的每个样品分配“无判读”值。

11.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含：

计算每个对应的等位基因的所述背景信号的平均值、方差和标准差。

12.根据权利要求11所述的方法，其中如果无值可用以计算等位基因的所述背景信号的平均值、方差和标准差，那么全局估算背景信号用于所述等位基因，并且其中所述全局估算背景信号是所述多个背景信号的平均值。