[发明专利]用于胃肠健康相关病症的源自微生物群系的诊断及治疗方法和系统

权利要求书

1.一种非暂时性计算机可读介质，其存储多个指令，所述多个指令在由计算机系统执行时进行一种确定对指示胃肠问题的微生物群系的发生的分类或筛查人类个体中存在或不存在指示胃肠问题的微生物群系，和/或确定针对具有指示胃肠问题的微生物群系的人类个体的治疗过程的方法，所述方法包括：

确定样品中如表A、B、C、D、E或F中给出的细菌分类单位或与基因功能相对应的基因序列的量，其中，所述样品包含来自所述人类个体的包括微生物，所述微生物为细菌、古细菌、单细胞真核生物和病毒中的至少一种；

将所确定的量与具有截止值或概率值的疾病识别标志进行比较，所述截止值或概率值为具有指示胃肠问题的微生物群系的个体、或没有指示胃肠问题的微生物群系的个体或两者的细菌分类单位和/或基因序列的量的截止值或概率值；和

基于所述比较确定对存在或不存在指示胃肠问题的微生物群系的分类和/或确定针对具有指示胃肠问题的微生物群系的人类个体的治疗过程。

2.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述胃肠问题是：

(i)便秘，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表A中的那些；

(ii)腹泻，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表B中的那些；

(iii)痔疮，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表C中的那些；

(iv)腹胀，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表D中的那些；

(v)血便，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表E中的那些；或者

(vi)乳糖不耐受，并且所述细菌分类单位或所述基因序列选自表F中的那些。

3.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述确定包括从所述样品制备DNA并对所述DNA进行核苷酸测序。

4.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述确定包括对来自所述样品的细菌DNA进行深度测序以生成测序读段，

在计算机系统接收所述测序读段；和

用所述计算机系统将所述读段映射到细菌基因组，以确定所述读段是否映射至来自表A、B、C、D、E或F中的细菌分类单位或基因序列的序列；以及

确定所述样品中不同序列的相对量，该不同序列对应于来自表A、B、C、D、E或F的细菌分类单位或与基因功能相对应的基因序列的序列。

5.根据权利要求4所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述深度测序是随机深度测序。

6.根据权利要求4所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述深度测序包括对细菌16SrRNA编码序列进行深度测序。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述方法进一步包括从所述人类个体获得生理信息、人口统计学信息或行为信息，其中所述疾病识别标志包括生理信息、人口统计学信息或行为信息；并且

所述确定包括将所获得的生理信息、人口统计学信息或行为信息与所述疾病识别标志中的相应信息进行比较。

8.根据权利要求1至6中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述样品包括以下中的至少一种：来自所述人类个体的粪便、血液、唾液、颊拭子、尿液或体液。

9.根据权利要求1至6中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，进一步包括确定所述人类个体可能具有指示胃肠问题的微生物群系。

10.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，进一步包括确定对于缺乏表A、B、C、D、E或F中列出的一种或更多种细菌分类单位的人类个体的所述一种或更多种细菌分类单位的剂量。