[发明专利]产生特异性免疫治疗组合物及其相关核酸构建体的方法

权利要求书

1.一种产生用于患者的特异性免疫治疗组合物的方法，其包括：

从所述患者的病毒相关肿瘤获得活检样品，并分析所述活检样品以鉴定所述病毒相关肿瘤中的非患者核酸；

通过鉴定所述非患者核酸和已知与所述病毒相关肿瘤相关的病毒的参考核酸之间的重叠，确定编码所述病毒相关肿瘤的患者特异性和肿瘤特异性新表位的多个核酸序列，其中每个所述新表位具有5至30个氨基酸之间的长度，并且其中所述非患者核酸包括相比于与所述病毒相关肿瘤相关的病毒的所述参考核酸的突变，并且其中所述突变在将所述非患者核酸插入患者的宿主基因组时发生；

从多个所述患者特异性和肿瘤特异性新表位鉴定HLA匹配的新表位，其中所述HLA匹配的新表位包含所述非患者核酸、包含所述突变并且对于所述患者的HLA类型具有等于或小于100nM的解离常数；以及

产生包含重组病毒或重组细胞的患者特异性免疫治疗组合物，所述重组病毒包含编码所述HLA匹配的新表位的核酸，所述重组细胞表达靶向所述HLA匹配的新表位的重组蛋白。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述非患者核酸通过全基因组测序获得。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述非患者核酸与同一患者的未患病组织相匹配。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，将至少一部分病毒基因组整合到患者基因组中。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，针对所述病毒的至少一个表达基因来计算所述参考核酸的多个表位。

6.根据权利要求1所述的方法，其还包括使用所述活检样品的非患者核酸以在计算机上确定所述患者的HLA型的步骤。

7.根据权利要求1所述的方法，其还包括通过以下步骤确定所述患者的HLA型：

提供包含已知和不同HLA等位基因的多个序列的HLA参考序列；

将所述非患者核酸分解成多个相应的k聚体组；

使用所述HLA参考序列和所述多个相应的k聚体组生成复合de Bruijn图；以及

使用综合匹配评分对已知和不同的HLA等位基因中的每一个进行排序，所述综合匹配评分通过与已知和不同的HLA等位基因中的相应区段匹配的k聚体的相应投票来计算；以及

将排序最高的HLA等位基因鉴定为所述患者的HLA型。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，在MHC-I和MHC-II亚型的匹配评分之间区分多个表位和新表位的相应HLA-匹配评分。

9.根据权利要求1所述的方法，其中，所述患者特异性免疫治疗组合物指导与MHC-II匹配的表位或新表位的MHC-II呈递途径，其中，所述表位或新表位的MHC-II呈递具有等于或小于100nM的计算解离常数。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，使用具有等于或小于100nM的计算解离常数的专门HLA匹配的新表位以产生所述患者特异性免疫治疗组合物。