[发明专利]新表位的迭代发现及其适应性免疫疗法和方法

权利要求书

1.一种产生用于诊断患有肿瘤的患者的免疫治疗组合物的方法，所述方法包括：

接收患者第一位置的肿瘤细胞的组学数据，并接收患者第二位置的肿瘤细胞组学数据，其中使用核酸测序、RNA测序、蛋白质测序或基于质谱的测序获得所述组学数据；

使用组学数据确定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的各自的新表位；

通过计算机实施的方法确定功能属性，其中所述功能属性选自由司机突变、乘客突变和甲基化状态组成的组；

使用每个确定的各自的新表位的功能属性来鉴定所述第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的所述确定的各自的新表位中的治疗相关新表位；和

产生包含所述治疗相关新表位的所述免疫治疗组合物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中诊断患有肿瘤的患者先前用不同于所产生的免疫治疗组合物的初始免疫治疗组合物治疗。

3.根据权利要求1所述的方法，其中第一位置是原发肿瘤，第二位置选自由局部区域转移、远处转移、淋巴结和循环系统组成的组。

4.根据权利要求1所述的方法，其中通过针对患者的匹配的正常组学数据过滤来确定各自的新表位。

5.根据权利要求4所述的方法，其中通过针对患者的HLA型进一步过滤来确定各自的新表位。

6.根据权利要求1所述的方法，其中免疫治疗组合物选自由编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体以及用治疗相关的新表位离体激活的白细胞群体组成的组。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，用于产生所述免疫治疗组合物的方法包括优化所述免疫治疗组合物，所述方法包括：

接收第一位置和第二位置中的至少一个的肿瘤细胞的治疗前新表位序列信息；

接收第一位置和第二位置中的至少一个的肿瘤细胞的治疗后新表位序列信息，其中在用患者特异性免疫治疗组合物治疗所述患者后获得所述治疗后新表位序列信息；

其中治疗前和治疗后新表位序列信息中的每一个具有组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个，其中所述组属性选自由独特新表位、共有新表位、倍性状态和克隆性状态组成的组，其中所述位置属性选自由原发肿瘤位置、转移位置和循环系统组成的组，其中所述功能属性选自由司机突变、乘客突变和甲基化状态组成的组，其中所述代谢属性选自由药物耐受和增加的糖酵解组成的组，并且其中所述途径属性选自由生长信号传导途径中的突变、细胞凋亡信号传导途径中的突变、激素信号传导途径中的突变和信号传导途径使用中的漂移组成的组；

基于治疗前和治疗后新表位序列信息的每一个的组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个鉴定升级的治疗相关新表位；和

使用升级的治疗相关新表位产生升级的免疫治疗组合物。

8.根据权利要求7所述的方法，其中第一位置是原发肿瘤，第二位置选自由局部区域转移、远处转移、淋巴结和循环系统组成的组。

9.根据权利要求7所述的方法，其中治疗前新表位序列信息来自第一位置和第二位置的肿瘤细胞，并且其中治疗后新表位序列信息来自第一位置和第二位置的肿瘤细胞。

10.根据权利要求7所述的方法，其中鉴定升级的治疗相关新表位的步骤基于治疗前和治疗后新表位序列信息的组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少两个。

11.根据权利要求7所述的方法，其中免疫治疗组合物选自由编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体以及用治疗相关的新表位离体激活的白细胞群体组成的组。